masterへマージを行なったらファイルが全て消えてしまった

Question

git-flowを参考に、開発を進めていたのですが、developからmasterへマージする際に、問題が起きてしまいました。
git-flowでは、developからmasterへマージを行う際は、一度「releaseブランチ」を作成し、その後、master,developへmargeがされる流れかと思うのですが、releaseブランチの作成は今回は必要ないと判断した為、git flow feature finish ブランチ名とした後に、masterへチェックアウトを行い、その後、git merge developを行いました。
そしたら、結果としましては、ファイルが全て消えてしまう現象が起こりました。ディレクトリの階層はそのままでした。
その為、現在は、masterでは、git stashとして、git checkout developを行い、「develop」ブランチにいる状況です。
masterへのマージをreleaseブランチを作成する手順を踏まずに、行う方法はありますでしょうか。
ご助言頂けましたら、幸いです。

Answer 1

releaseブランチをgit flow release start ver1.1こちらのように作成し、git flow release finish ver1.1このように行なったのですが、マージが出来なかった為、git stash clearをし、addやコミットなど正確には覚えていないのですが、色々と行い、masterブランチにいる状態で、git merge --allow-unrelated-histories release/ver1.1を行いましたら、マージに成功しました。