前提・実現したいこと

私は今N予備校のWebプログラミングを勉強しているのですが、
教材の通りにやっていたらうまくいかないところが出ました。
Virtual Box上にUbuntuをインストールして作業しています。

githubからカレントディレクトリにフォルダをgit cloneしようとすると
fatal: could not set 'core.filemode' to 'false'となるため
うまくgit cloneができません。

エラーメッセージ

以下にうまくいかなかった状態を示します。
現在のカレントディレクトリの内容です

console
1vagrant@ubuntu-bionic:~/workspace$ ls
2bot    itunes-topsong-rss  niconico-ranking-rss  tmp
3httpd  my-first-shell      rsa.txt

ここにcloneしようとします。

console
1vagrant@ubuntu-bionic:~/workspace$ git clone git@github.com:yosse95ai/assessment.git
2Cloning into 'assessment'...
3error: could not write config file /home/vagrant/workspace/assessment/.git/config: Operation not permitted
4fatal: could not set 'core.filemode' to 'false'
5vagrant@ubuntu-bionic:~/workspace$ ls
6assessment  httpd               my-first-shell        rsa.txt
7bot         itunes-topsong-rss  niconico-ranking-rss  tmp
8vagrant@ubuntu-bionic:~/workspace$ ls assessment/ -a
9.  ..  .git

実際はassessmentディレクトリ内に
assessment.html,assessment.css,assessment.jsというファイルが存在していますが、
うまくいっていないみたいなので、削除しようとしました。

console
1vagrant@ubuntu-bionic:~/workspace$ rm -r assessment/
2rm: cannot remove 'assessment/.git/branches': Protocol error
3rm: cannot remove 'assessment/.git/hooks': Protocol error
4rm: cannot remove 'assessment/.git/info': Protocol error
5rm: cannot remove 'assessment/.git/refs/heads': Protocol error
6rm: cannot remove 'assessment/.git/refs/tags': Protocol error
7rm: cannot remove 'assessment/.git/refs': Directory not empty

うまくいかなかったのでgit rmコマンドを使おうとしてみました。

console
1vagrant@ubuntu-bionic:~/workspace$ git rm assessment/
2fatal: not a git repository (or any parent up to mount point /home/vagrant)
3Stopping at filesystem boundary (GIT_DISCOVERY_ACROSS_FILESYSTEM not set).

なお、この削除の問題に関しては、GitHub上の該当するリポジトリを削除した後だと
rm -rコマンドでうまくいきました。 ←2020/04/19

~~再び同じ状況になったのですが、今度はリポジトリを削除した後でもディレクトリの削除ができませんでした。。。~~　　←2020/04/19

PCを再起動後に、GitHub上の該当するリポジトリを削除した後だとなぜか
rm -rコマンドでうまくいきました。　←2020/04/20

補足

教材とは関係なく個人的にVSCodeでwslを使っています。
そちらの方ではすべてうまくいきました。
また、公開鍵などの設定に関しましては、教材の通りですし、
ubuntu,wslともに同じ方法で設定したはずです。

初めてのこのサイトでの質問ですので拙いところがあると思いますが、
どうかご回答よろしくお願いします。

もし根本的な解決の方法が分かった方がいましたらコメントお願いします。

解決からの逃げ道...

根本的な解決ではないのですが、
Virtual Box側のディレクトリとWindows側のフォルダを共有できるようにしているため
WindowsからUbuntuのディレクトリをいじれます。
それを利用してgit cloneのできるwsl側からUbuntuの該当ディレクトリ内に
cloneすることで、この問題の根本的な部分をいったん無視しようとします。

wsl
1/vagrant/ubntu64_18/workspace$ git clone git@github.com:yosse95ai/assessment.git
2Cloning into 'assessment'...
3Warning: Permanently added the RSA host key for IP address '13.114.40.48' to the list of known hosts.remote: Enumerating objects: 1, done.
4remote: Counting objects: 100% (1/1), done.
5remote: Total 9 (delta 0), reused 0 (delta 0), pack-reused 8
6Receiving objects: 100% (9/9), 4.13 KiB | 705.00 KiB/s, done.
7
8/vagrant/ubntu64_18/workspace$ ls assessment/
9LICENSE  README.md  assessment.css  assessment.html  assessment.js

ひとまずはこれで作業を進めていこうと思います。

行動規範の内容に同意します

回答1件

自己解決

自力解決しました<(_ _)>

根本的な解決っぽいものを見つけたので書いておきます。

いつか誰かの助けになればと思います。

前提と試行錯誤

私は、作業時ubuntuを起動後にwslで共有設定しているフォルダを開いていました。

PCを再起動後に、GitHub上の該当するリポジトリを削除した後だとなぜか

rm -rコマンドでうまくいきました。　←2020/04/20

としていますが、この時点ではまだwslで共有フォルダを開いていない状態でした。

その後、wslで共有フォルダを開き、ubuntu上で同じ操作をすると、

ubuntu
1vagrant@ubuntu-bionic:~/workspace$ rm -r assessment/
2rm: cannot remove 'assessment/.git/branches': Protocol error
3rm: cannot remove 'assessment/.git/hooks': Protocol error
4rm: cannot remove 'assessment/.git/info': Protocol error
5rm: cannot remove 'assessment/.git/refs/heads': Protocol error
6rm: cannot remove 'assessment/.git/refs/tags': Protocol error
7rm: cannot remove 'assessment/.git/refs': Directory not empty

となってしまいました。

また、wslで該当のフォルダを開いていないときgit cloneなどの操作はうまくいきました。

結果からわかること

おそらくなのですが、
Virtual Boxのubuntu →　VSCodeのwslという順にコンソールを開いた場合、
そのフォルダ(ディレクトリ)におけるgitの権限的ななにかが、
wsl(後に開いたほう)に移るのだと思います。

再起動後に、rm -rできていたのはwslで該当フォルダを開いていなかったと予測できます。

実際、wslで該当の共有フォルダを開いていないとき、gitに関するすべての命令を
ubuntuで実行できました。

一例として、git cloneを示します。

ubuntu
1$ git clone git@github.com:yosse95ai/intro-curriculum-3001.git
2Cloning into 'intro-curriculum-3001'...
3Enter passphrase for key '/home/vagrant/.ssh/id_rsa': 
4remote: Enumerating objects: 23, done.
5remote: Total 23 (delta 0), reused 0 (delta 0), pack-reused 23
6Receiving objects: 100% (23/23), done.
7Resolving deltas: 100% (6/6), done.