brew doctor したら Warning: "config" scripts exist outside your system or Homebrew directories.と出た時の解決法

前提・実現したいこと

Macのターミナルで、python導入時に、正しく導入されているかbrew doctor確認したところ、
エラーメッセージが出てきました。
無視してもいいのかもしれませんが、気持ち悪いので解消したいです
どうしたらいいでしょうか.

#ここに質問の内容を詳しく書いてください。　
Macに、pythonを導入するのは初めてで、正直手探りで進めています
pythonの基本的なモジュールであるmatplotlibやnumpy,pandas,scipy,scikit-learnなどが使えれば今のところは問題ないです。
このエラーメッセージを放置しておいて、将来的に問題ありそうなら今のうち解決しておきたいと思い、質問しました

解決できない時は、pythonのバージョンを下げた方がいいのでしょうか？
pc環境を整理するために一度pythonをアンインストールしてから、再度インストールした方が早そうでしょうか

発生している問題・エラーメッセージ

macのターミナルに初期から存在するpythonだと、python2系だったので、
macで、最新のpython3.8.2を導入しようとしました。

pythonのダウンロードページにアクセスして、最新のバージョンのpythonをインストールをしようとしました。

しかしながら、ターミナルで確認したところpipが使えなかったため、別途インストールしようとしました。progateのpythonの開発環境を用意しよう[mac]に従い、homebrewをインストールした後、pyenvをインストールして、pythonを導入しようとしました。

その後、正しく導入できている確認するために、brew doctorというコマンドを打ったところ、以下のエラーメッセージが発生しました。

該当のソースコード

ターミナル

reodesu@sugayareiseinoMacBook-Pro ~ % brew doctor
Please note that these warnings are just used to help the Homebrew maintainers
with debugging if you file an issue. If everything you use Homebrew for is
working fine: please don't worry or file an issue; just ignore this. Thanks!

Warning: "config" scripts exist outside your system or Homebrew directories.
`./configure` scripts often look for *-config scripts to determine if
software packages are installed, and which additional flags to use when
compiling and linking.

Having additional scripts in your path can confuse software installed via
Homebrew if the config script overrides a system or Homebrew-provided
script of the same name. We found the following "config" scripts:
  /Users/reodesu/.pyenv/shims/python-config
  /Users/reodesu/.pyenv/shims/python3-config
  /Users/reodesu/.pyenv/shims/python3.8-config
  /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/bin/python3-config
  /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/bin/python3.8-config
reodesu@sugayareiseinoMacBook-Pro ~ %

試したこと

まず、エラーメッセージの情報を調べてみました。
同じようなエラーメッセージが出ているサイトを見つけました。
HomebrewでdoctorしたらWarning: "config" scripts exist outside your system or Homebrew directories.となった時の対応方法

内容を、読み進めたのですが、方法は正しいのかもしれないが簡略化されすぎていて、いまいち理解できませんでした。

そのため、次のサイトで理解を深めました
brew doctor したら Warning: "config" scripts exist outside your system or Homebrew directories.と出た時の解決法初心者的理解

エラー内容をgoogle翻訳するとこんな感じらしいです

警告します！　"config"と書かれたファイルがHomebrewディレクトリの外にあります。

Homebrewは「〜config」と書かれた設定ファイルを参照して動作しますが、
Homebrewディレクトリやパスの外に「〜config」と書かれたファイルがあるとソフトウェアが混乱するかもしれません。
ちなみに、Homebrewディレクトリ以外で「〜config」と書かれているファイルは以下の通りです。

エラー内容は、大体こんな感じらしいです。

一度、PATH内を確認したところ、このような構成だったため、そのまま
brew doctor したら Warning: "config" scripts exist outside your system or Homebrew directories.と出た時の解決法初心者的理解
の解決方法を使えるのではと思いました

reodesu@sugayareiseinoMacBook-Pro ~ % echo $PATH
/Users/reodesu/.pyenv/shims:/Users/reodesu/.pyenv/bin:/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin
reodesu@sugayareiseinoMacBook-Pro ~ %

解決方法は、どうやらvimで.bash_profileにこのようなコードを書き込めばいけそうです

alias brew='PATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin brew'

vimでそのまま一行コピペ。:wqで保存終了したの後、ターミナルの再起動を行った。

reodesu@sugayareiseinoMacBook-Pro ~ % vim .bash_profile

export PYENV_ROOT="$HOME/.pyenv"
export PATH="$PYENV_ROOT/bin:$PATH"
alias brew='PATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin brew'
~ 
略                                                                                            
~                                                                               
:wq

再起動後、brew doctor実行したが、エラーメッセージに変化なし。コマンド自体は有効だが、うまく.bash_profileに書き込めてない感じ？だろうか

reodesu@sugayareiseinoMacBook
1Please note that these warnings are just used to help the Homebrew maintainers
2with debugging if you file an issue. If everything you use Homebrew for is
3working fine: please don't worry or file an issue; just ignore this. Thanks!
4
5Warning: "config" scripts exist outside your system or Homebrew directories.
6`./configure` scripts often look for *-config scripts to determine if
7software packages are installed, and which additional flags to use when
8compiling and linking.
9
10Having additional scripts in your path can confuse software installed via
11Homebrew if the config script overrides a system or Homebrew-provided
12script of the same name. We found the following "config" scripts:
13  /Users/reodesu/.pyenv/shims/python-config
14  /Users/reodesu/.pyenv/shims/python3-config
15  /Users/reodesu/.pyenv/shims/python3.8-config
16  /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/bin/python3-config
17  /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/bin/python3.8-config
18reodesu@sugayareiseinoMacBook-Pro ~ % alias brew='PATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin brew'
19
20reodesu@sugayareiseinoMacBook-Pro ~ % brew doctor
21Your system is ready to brew.
22reodesu@sugayareiseinoMacBook-Pro ~ %

vimで再度.bash_profileに見にいくも、内容は書き込めているぽい。
ここで、手詰まりとなった

export PYENV_ROOT="$HOME/.pyenv"
export PATH="$PYENV_ROOT/bin:$PATH"
alias brew='PATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin brew'
~                                                                               
略                                                                                                                                               
~                                                                               
".bash_profile" [readonly] 3L, 137C

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

Mac OS Catalina
バージョン10.15.14

hoshi-takanori

2020/04/13 20:14

これで。 https://tader.dev/2019/pyenv/

from_skyworld

2020/04/14 18:08

僕の調べた限りだと、その方法でcatalinaだと、上手くできなかったです。英語を上手く読み解けてないだけかもしれませんが。 sudo installer -pkg /Library/Developer/CommandLineTools/Packages/macOS_SDK_headers_for_macOS_10.14.pkg -target / がhttps://teratail.com/questions/218201でcatalina出来ないとの回答が得られましたとりあえず、現状動くので放置しときます