index 2 is out of bounds for axis 1 with size 2が出る。何が原因がわからない

Question

### ソースコード

import numpy as np
from sklearn.preprocessing import MinMaxScaler
df=pandas.read_csv( 'http://archive.ics.uci.edu/ml/machine-learning-databases/wine-quality/winequality-red.csv ',sep=';')
array=df.values
x=array[:,0:8]
y=array[:,8]
scaler=MinMaxScaler(feature_range=(0,1))
rescaledX=scaler.fit_transform(x)
np.set_printoptions(precision=3)
rescaledX[0:5,:]

import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
from sklearn import decomposition
from sklearn import datasets

np.random.seed(5)

centers = [[1, 1], [-1, -1], [1, -1]]

X = rescaledX

fig = plt.figure(1, figsize=(4, 3))
plt.clf()
ax = Axes3D(fig, rect=[0, 0, .95, 1], elev=48, azim=134)

plt.cla()
pca = decomposition.PCA(n_components=2)
pca.fit(X)
X = pca.transform(X)

for name, label in [('a', 0), ('b', 1)]:
    ax.text3D(X[y == label, 0].mean(),
              X[y == label, 1].mean() + 1.5,
              X[y == label, 2].mean(), name,
              horizontalalignment='center',
              bbox=dict(alpha=.5, edgecolor='w', facecolor='w'))

y = np.choose(y, [1, 2, 0]).astype(np.float)
ax.scatter(X[:, 0], X[:, 1], X[:, 2], c=y, cmap=plt.cm.nipy_spectral,
           edgecolor='k')

ax.w_xaxis.set_ticklabels([])
ax.w_yaxis.set_ticklabels([])
ax.w_zaxis.set_ticklabels([])

plt.show()

---

エラー内容

IndexError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-4-8333174d1e05> in <module>
22 ax.text3D(X[y == label, 0].mean(),
23 X[y == label, 1].mean() + 1.5,
---> 24 X[y == label, 2].mean(), name,
25 horizontalalignment='center',
26 bbox=dict(alpha=.5, edgecolor='w', facecolor='w'))

IndexError: index 2 is out of bounds for axis 1 with size 2

Comments

[hayataka2049]

このままでは読めないので、質問を編集してコードとエラーを
```
ここにコード
```

のようにコードブロックのマークダウンで囲んでください（選択して<code>を押しても挿入できます）。

[meg_]

エラー発生箇所は「X[y == label, 0].mean()」ですか？「ax.text3D()」ですか？

[hayataka2049]

実行したところ、違うエラーになりました。
Traceback (most recent call last):
File "filename.py", line 37, in <module>
X[y == label, 2].mean(), name,
IndexError: index 2 is out of bounds for axis 1 with size 2

jupyter環境ならセルの実行順序や以前実行した結果などの影響がある可能性があります。kernel restart&run allしてみてください。

Answer 1

PCA(n_components=2)なので変換後のshapeは(n, 2)です。

3次元に圧縮すればこのエラーは消えるでしょう。