Pythonで階層的クラスタリングをし、bootstrap法を用いてその信頼度を調べたい

Question

■質問
下記参照サイトでは、PythonでBootstrapを作る方法が記載されています。
参照サイトでは、2つの配列data_xとdata_yがあるだけなのですが、これを例えばdata_a～data_zと20個くらいにして、階層的クラスタリングを行いたいと考えています。その上で、ブートストラップサンプリングをし、その樹形図の信頼性を調べたいのですが、どのようなコードを書けばよいのかweb上を調べるだけではなかなかわからず困っています。
どなたか教えていただけないでしょうか?

■参照サイト
https://qiita.com/tjmnmn/items/3aed6fb85f75446f74ca

■作業環境
Python3.8を使用しています。

どうぞ宜しくお願いします。

Comments

[maisumakun]

タグの「Bootstrap」は全く別なものを指していますので、外しておいたほうがいいでしょう。

[Learnin]

Bootstrapのタグを外しました。ご指摘ありがとうございます。

Answer 1

Rではpvclustが使えますが、Pythonで相当する機能を持つめぼしいライブラリはありません。

CRAN - Package pvclust

rpy2で無理矢理PythonからRのライブラリを呼び出せないこともないのですが、素直にRを使った方が良いかと思います。

Comments

[Learnin]

ありがとうございます。Rは使ったことがないのですが、勉強してみます。

（Pythonでrpy2を使って無理やりできないかともおもっています。
pip install rpy2とするとエラーでインストールできないでず。自分でもう少し調べられそうなので色々確認中…）

[hayataka2049]

まずRの環境を先にインストールしないといけないのです。