docker でmysqlが起動できない

Question

わからないこと

dockerでmysqlが起動できない。

環境

Django==2.0.4
uwsgi==2.0.17
PyMySQL==0.8.0

docker-compose.yml

version: '3'

services:
  nginx:
      image: nginx:1.13
      ports:
        - "8000:8000"
      volumes:
        - ./nginx/conf:/etc/nginx/conf.d
        - ./nginx/uwsgi_params:/etc/nginx/uwsgi_params
        - ./src/static:/static
      depends_on:
        - python

  db:
      image: mysql:5.7
      command: mysqld --character-set-server=utf8mb4 --collation-server=utf8mb4_unicode_ci
      ports:
        - "3306:3306"
      environment:
        MYSQL_ROOT_PASSWORD: root
        MYSQL_DATABASE: hoge
        MYSQL_USER: hoge
        MYSQL_PASSWORD: hoge
        TZ: 'Asia/Tokyo'
      volumes:
        - ./mysql:/var/lib/mysql
        - ./sql:/docker-entrypoint-initdb.d

  python:
      build: ./python
      command: uwsgi --socket :8001 --module app.wsgi --py-autoreload 1 --logto /tmp/mylog.log
      volumes:
        - ./src:/code
        - ./src/static:/static
      expose:
        - "8001"
      depends_on:
        - db

こちらで docker-compose build → docker-compose up をすると以下のエラーになります。

エラー

Attaching to docker-django_db_1, docker-django_python_1, docker-django_nginx_1
db_1      | 2020-02-16 16:54:55+09:00 [Note] [Entrypoint]: Entrypoint script for MySQL Server 5.7.29-1debian9 started.
db_1      | 2020-02-16 16:54:55+09:00 [Note] [Entrypoint]: Switching to dedicated user 'mysql'
db_1      | 2020-02-16 16:54:55+09:00 [Note] [Entrypoint]: Entrypoint script for MySQL Server 5.7.29-1debian9 started.
db_1      | 2020-02-16T07:54:55.681543Z 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
db_1      | 2020-02-16T07:54:55.687089Z 0 [Note] mysqld (mysqld 5.7.29) starting as process 1 ...
db_1      | 2020-02-16T07:54:55.697332Z 0 [Note] InnoDB: PUNCH HOLE support available
db_1      | 2020-02-16T07:54:55.697837Z 0 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
db_1      | 2020-02-16T07:54:55.698146Z 0 [Note] InnoDB: Uses event mutexes
db_1      | 2020-02-16T07:54:55.698440Z 0 [Note] InnoDB: GCC builtin __atomic_thread_fence() is used for memory barrier
db_1      | 2020-02-16T07:54:55.698729Z 0 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.11
db_1      | 2020-02-16T07:54:55.698965Z 0 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO
db_1      | 2020-02-16T07:54:55.699889Z 0 [Note] InnoDB: Number of pools: 1
db_1      | 2020-02-16T07:54:55.700652Z 0 [Note] InnoDB: Using CPU crc32 instructions
db_1      | 2020-02-16T07:54:55.702690Z 0 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, total size = 128M, instances = 1, chunk size = 128M
db_1      | 2020-02-16T07:54:55.710909Z 0 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
db_1      | 2020-02-16T07:54:55.713161Z 0 [Note] InnoDB: If the mysqld execution user is authorized, page cleaner thread priority can be changed. See the man page of setpriority().
db_1      | 2020-02-16T07:54:55.739890Z 0 [ERROR] InnoDB: Cannot create log files because data files are corrupt or the database was not shut down cleanly after creating the data files.
db_1      | 2020-02-16T07:54:55.740233Z 0 [ERROR] InnoDB: Plugin initialization aborted with error Generic error
db_1      | 2020-02-16T07:54:56.348507Z 0 [ERROR] Plugin 'InnoDB' init function returned error.
db_1      | 2020-02-16T07:54:56.349107Z 0 [ERROR] Plugin 'InnoDB' registration as a STORAGE ENGINE failed.
db_1      | 2020-02-16T07:54:56.349314Z 0 [ERROR] Failed to initialize builtin plugins.
db_1      | 2020-02-16T07:54:56.349511Z 0 [ERROR] Aborting
db_1      | 
db_1      | 2020-02-16T07:54:56.349840Z 0 [Note] Binlog end
db_1      | 2020-02-16T07:54:56.350215Z 0 [Note] Shutting down plugin 'CSV'
db_1      | 2020-02-16T07:54:56.354331Z 0 [Note] mysqld: Shutdown complete
db_1      | 
docker-django_db_1 exited with code 1

# dbだけ立ち上がらない

         Name                       Command               State                Ports             
-------------------------------------------------------------------------------------------------
docker-django_db_1       docker-entrypoint.sh mysql ...   Exit 1                                 
docker-django_nginx_1    nginx -g daemon off;             Up       80/tcp, 0.0.0.0:8000->8000/tcp
docker-django_python_1   uwsgi --socket :8001 --mod ...   Up       8001/tcp  

試したこと

色々と検索して試したことは、一度コンテナの削除をして再度ビルドから試しましたが、うまく行かず
どなたかお分かりの方、ご教示お願い致します。

Answer 1

dataファイルが壊れているようなので、./mysql のなかを、一度全部削除してから試すとどうでしょう(消して大丈夫な場合)。

あと、もし、Windowsホストでdockerを動かしているなら、Windowsのフォルダを/var/lib/mysqlにマウントするのは、いろいろ問題がありそうです。

Comments

[退会済みユーザー]

bsdfan 様
ご回答ありがとうございます。
docker は Mac で動かしております。
なるほどです。
一旦、 ./mysql の中を削除してから試してみます。

[退会済みユーザー]

bsdfan 様
ご指摘頂いた通り、 `./mysql` が壊れていたようです。
一旦 `./mysql` を削除してから再度ビルド→起動
の手順でやったら起動できました！
ありがとうございます！

Answer 2

情報が足りていないので詳しい回答ができません。

とりあえず、最低限はこれだけで起動できるはずです。

  db:
      image: mysql:5.7

今の設定から徐々に設定内容を削除していけばどの項目が原因でエラーになっているかわかるはずです。

Comments

[退会済みユーザー]

matsubokkuri 様
ご回答ありがとうございます。
徐々に設定内容の方消して見ましたが、エラー内容は変わらず・・・
起動できませんでした・・・

[matsubokkuri]

うーん。以下で起動できました。

docker-compose.yml
```
version: '3'

services:
db:
image: mysql:5.7
environment:
MYSQL_ALLOW_EMPTY_PASSWORD: 1
```

https://gist.github.com/matsubo/4e8b74de455035088c15a6069f687fe4

[退会済みユーザー]

matsubokkuri 様
ご返信ありがとうございます。
github にの乗せて頂き誠にありがとうございます。
./mysql 内のファイルが何らかの原因で壊れていたみたいです。
上記コメントの方法で解決できました。
ありがとうございましたm(_ _)m