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Newtworkxのcircular_layoutの引数について

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pilomu

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Pythonで以下のコードを書いて【画像1】のようなネットワーク画像を作成しました。
【画像2】【画像3】はcytoscape上で編集したものですが、Python上で【画像2】を【画像3】のように指定したノードを中心にする方法はありますか?

調べたところ、circular_layoutの引数に'center='を入れると中心に表示したいノードを指定できるようなのですが、上手くいきません。。
どなたかご教授よろしくお願いいたしますm(_ _)m

from graphviz import Graph
import networkx as nx
import japanize_matplotlib
%matplotlib inline
import graphviz


g = Graph()
g = nx.read_edgelist('test.txt', nodetype=str)

pr = nx.pagerank(g)
pos = nx.circular_layout(g)

plt.figure(figsize=(15, 15))
nx.draw_networkx_edges(g, pos, edge_color='y')
nx.draw_networkx_nodes(g, pos, node_color='r', alpha=0.5,
                       font_family='IPAexGothic', node_size=[60000*v for v in ok.values()])
nx.draw_networkx_labels(g,pos,font_size=10, font_family='IPAexGothic')
plt.axis('off')

【画像1】
イメージ説明

【画像2】
イメージ説明
【画像3】
イメージ説明

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回答 1

+1

circular_layout() ではなく shell_layout()を使うのはどうでしょうか。

https://networkx.github.io/documentation/stable/reference/generated/networkx.drawing.layout.shell_layout.html

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

g = nx.Graph()
g.add_edges_from([['A','B'],
                  ['A','C'],
                  ['A','E'],
                  ['A','G'],
                  ['A','J'],
                  ['B','H'],
                  ['B','E'],
                  ['B','D'],
                  ['C','E'],
                  ['C','J'],
                  ['D','I'],
                  ['D','E'],
                  ['D','F'],
                  ['D','K'],
                  ['E','K'],
                  ['E','I'],
                  ['F','G'],
                  ['F','H'],
                  ['F','I'],
                  ['G','J'],
                  ['G','J'],
                  ['H','K']])
pos = nx.shell_layout(g, [['E', 'G'], # 内側に配置するノード
                          ['A', 'B', 'C','D','F','H','I','J','K']])

plt.figure()
nx.draw_networkx_edges(g, pos, edge_color='y')
nx.draw_networkx_nodes(g, pos, node_color='r')
nx.draw_networkx_labels(g, pos)
plt.axis('off')
plt.axes().set_aspect('equal')
plt.show()

イメージ説明

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  • 2020/02/15 19:17

    ご回答ありがとうございます!理想の形に近づきました!
    ただ、実際に扱うテキストファイルの要素はA〜K以上の膨大な数があります。
    pos = nx.shell_layout(g, [['E', 'G'], # 内側に配置するノード
       ['A', 'B', 'C','D','F','H','I','J','K']])
    の部分は全要素を書かなければならないでしょうか?

    キャンセル

  • 2020/02/17 13:23 編集

    遅くなりました
    全部ノードと内側のノードから外側のノードを差集合で求めるとよいのではないでしょうか

    nodes = set(g.nodes())
    inner_nodes = {'E', 'G'}
    outer_nodes = nodes - inner_nodes
    pos = nx.shell_layout(g, [inner_nodes, outer_nodes])

    キャンセル

  • 2020/02/17 18:09

    めちゃくちゃ助かりました!!!
    いつもありがとうございますm(_ _)m
    またよろしくお願いいたします!

    キャンセル

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