networkxのノードの固定方法がわからず苦戦しています。。

Question

異なる２つのテキストファイルを使ってnetworkxでグラフを作る際に、２つのファイルで共通するデータ（ノード）の位置を固定してグラフを表示したいのですが、何かいい方法はありますでしょうか？
どなたかご教授よろしくお願いいたします。。
例えば、seedでノードごとに固定する方法などありましたら教えて下さい。。

【データ１：test_1.txt】

A B
E C
A C
E D
A E
B D
C E
A B

【データ２：test_2.txt】

A Z
W D
Y A
A X
W X
Y Z
A D

【データ１コード】

g = Graph()
g = nx.read_edgelist('test_1.txt', nodetype=str)
pos = nx.spring_layout(g, k=1, seed=2)

plt.figure(figsize=(10, 10))
pr = nx.pagerank(g)
nx.draw_networkx_edges(g, pos, edge_color='khaki', alpha=1)
#node_sizeにPageRankの値を組み込む
nx.draw_networkx_nodes(g, pos, node_color=list(pr.values()), cmap=plt.cm.Greens,
                       alpha=0.5, node_size=[20000*v for v in pr.values()], font_family='IPAexGothic')
nx.draw_networkx_labels(g, pos, font_size=10, font_family='IPAexGothic', dpi=2000)
plt.axis('off')

plt.savefig("test_1.svg", dpi=2000)

【データ２：コード】

g = Graph()
g = nx.read_edgelist('test_2.txt', nodetype=str)
pos = nx.spring_layout(g, k=1, seed=2)

plt.figure(figsize=(10, 10))
pr = nx.pagerank(g)
nx.draw_networkx_edges(g, pos, edge_color='khaki', alpha=1)
#node_sizeにPageRankの値を組み込む
nx.draw_networkx_nodes(g, pos, node_color=list(pr.values()), cmap=plt.cm.Greens,
                       alpha=0.5, node_size=[20000*v for v in pr.values()], font_family='IPAexGothic')
nx.draw_networkx_labels(g, pos, font_size=10, font_family='IPAexGothic', dpi=2000)
plt.axis('off')

plt.savefig("test_2.svg", dpi=2000)

【データ１出力画像】

【データ２出力画像】

↑AとDのノードの位置がバラバラになってしまっている。

Answer 1

spring_layoutを呼び出す際にposおよびfixed引数を適切に指定することで、任意のノードの位置を固定できます。

たとえば以下のように指定することが可能です。

pos = nx.spring_layout(g, k=1, seed=2, pos={"A":[0, 0], "B":[1, 0]}, fixed=["A", "B"])

ただし、これをやるとグラフの形状が歪むようです。本来異なる形状になるべきグラフの間で整合を取るのはなかなか困難なようにも思いますので、個人的にはそこまでしない方が良いようにも思います。

spring_layout — NetworkX 1.9 documentation

Comments

[退会済みユーザー]

ご回答ありがとうございます！
確かにグラフが歪みますね、、要素の繋がりを網羅するためには仕方ないのかもしれませんが、、
しかし一つの引き出しとして知識が増えました！
ありがとうございますm(__)m