シンボリックリンク(Windowsのショートカットみたいなもの)を作り直せばいいです。
現状のpythonはpython2のシンボリックリンクです。
$ ls -l /usr/bin/python
lrwxrwxrwx 1 root root 7 2月 9 14:15 /usr/bin/python -> python2
root管理者になります。
/usr/binディレクトリに移ります。
現状のシンボリックリンクを削除します。
python3からシンボリックリンクを作ります。
シンボリックリンクがpython3を指していることを確認します。
# ls -l python
lrwxrwxrwx 1 root root 7 2月 9 14:15 python -> python3
root管理者を抜けてpythonのバージョンを確認してください。
# exit
$ python -V
Python 3.7.3
(補足)
python3のパッケージがアップデートされたらシンボリックリンクが切れてしまいますので注意してください。
個人的にはラズパイ標準のpython環境は極力手は加えず、pyenvなどのバージョン管理ツールで
pythonを管理する方法をおすすめします。
$ pyenv versions
system
3.5.9
3.6.10
3.6.2
* 3.7.6 (set by /home/pi/.pyenv/version)
3.8.1
バッドをするには、ログインかつ
こちらの条件を満たす必要があります。