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networkxのノードの配置について

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退会済みユーザー

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複数のイベントで行なわれた会社のつながりをnetworkxで可視化しました。
作成するたびにノードがランダムに配置されてしまうのですが、変遷をみたいのでノードの位置を固定したいです。
ノードを指定した位置に配置する方法はありますでしょうか?
どなたかご教授よろしくお願いいたしますm(__)m

g = Graph()
g = nx.read_edgelist('company.txt', nodetype=str)
pos = nx.spring_layout(g, k=0.7)

plt.figure(figsize=(15,15))
pr = nx.pagerank(g)
nx.draw_networkx_edges(g, pos, edge_color='goldenrod', alpha=0.5)
#node_sizeにPageRankの値を組み込む
nx.draw_networkx_nodes(g, pos, node_color=list(pr.values()), cmap=plt.cm.Oranges,alpha=1, node_size=[10000*v for v in pr.values()], font_family='IPAexGothic')
nx.draw_networkx_labels(g, pos, font_size=30, font_family='IPAexGothic', dpi=2000)
plt.axis('off')
plt.title('関連会社', fontsize=20)
plt.savefig("company.png")


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回答 2

checkベストアンサー

+1

https://github.com/cytoscape/cytoscape-jupyter-widget

上記のようなウィジェットがあるので、これを入れればjupyter上でグラフの操作が可能ですが、(私自身のブログにもちょこっと載せてますが)色々導入の際にエラーやら障壁があったりします。
ですので、素直に可視化するだけならばnetworkxを使って作成したグラフを

nx.write_gml(G, "pagerank.gml")


と保存してしまって、cytoscapeのソフト自体をインストールして起動して、.gmlを読み込んで可視化するのが一番だと思います。cytoscapeだと基本的なネットワーク指標も出てきますし、可視化方法もたくさんあるので便利です。

参考資料:
cytoscapeのURL
http://www.cytoscape.org/
実際の活用例
https://qiita.com/a-lilas/items/d7654def2fa831c0dfdf

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  • 2020/02/05 23:46

    nx.write_graphml(G, "another.graphml", encoding='utf-8')
    日本語で表示したいときはこれでいけます。

    キャンセル

  • 2020/02/05 23:46

    原因は日本語による文字化けです。

    キャンセル

  • 2020/02/06 00:33

    おおお!
    ありがとうございます!
    とても助かりましたm(__)m

    キャンセル

+1

networkx.drawing.layout.spring_layouseedに固定値を指定すればよいようです。

import networkx as nx
from networkx import Graph
import matplotlib.pyplot as plt

g = Graph()
g = nx.read_edgelist('company.txt', nodetype=str)
pos = nx.spring_layout(g, k=0.7, seed=110) # seedを指定

plt.figure(figsize=(15,15))
pr = nx.pagerank(g)
nx.draw_networkx_edges(g, pos, edge_color='goldenrod', alpha=0.5)
#node_sizeにPageRankの値を組み込む
nx.draw_networkx_nodes(g, pos, node_color=list(pr.values()), cmap=plt.cm.Oranges,alpha=1, node_size=[10000*v for v in pr.values()], font_family='IPAexGothic')
nx.draw_networkx_labels(g, pos, font_size=30, font_family='IPAexGothic', dpi=2000)
plt.axis('off')
plt.title('関連会社', fontsize=20)
plt.savefig("company.png")
plt.show()


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  • 2020/02/05 11:13

    ご回答ありがとうございます!

    キャンセル

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