networkxのノードの配置について

Question

複数のイベントで行なわれた会社のつながりをnetworkxで可視化しました。
作成するたびにノードがランダムに配置されてしまうのですが、変遷をみたいのでノードの位置を固定したいです。
ノードを指定した位置に配置する方法はありますでしょうか？
どなたかご教授よろしくお願いいたしますm(__)m

g = Graph()
g = nx.read_edgelist('company.txt', nodetype=str)
pos = nx.spring_layout(g, k=0.7)

plt.figure(figsize=(15,15))
pr = nx.pagerank(g)
nx.draw_networkx_edges(g, pos, edge_color='goldenrod', alpha=0.5)
#node_sizeにPageRankの値を組み込む
nx.draw_networkx_nodes(g, pos, node_color=list(pr.values()), cmap=plt.cm.Oranges,alpha=1, node_size=[10000*v for v in pr.values()], font_family='IPAexGothic')
nx.draw_networkx_labels(g, pos, font_size=30, font_family='IPAexGothic', dpi=2000)
plt.axis('off')
plt.title('関連会社', fontsize=20)
plt.savefig("company.png")

Answer 1

networkx.drawing.layout.spring_layouのseedに固定値を指定すればよいようです。

import networkx as nx
from networkx import Graph
import matplotlib.pyplot as plt

g = Graph()
g = nx.read_edgelist('company.txt', nodetype=str)
pos = nx.spring_layout(g, k=0.7, seed=110) # seedを指定

plt.figure(figsize=(15,15))
pr = nx.pagerank(g)
nx.draw_networkx_edges(g, pos, edge_color='goldenrod', alpha=0.5)
#node_sizeにPageRankの値を組み込む
nx.draw_networkx_nodes(g, pos, node_color=list(pr.values()), cmap=plt.cm.Oranges,alpha=1, node_size=[10000*v for v in pr.values()], font_family='IPAexGothic')
nx.draw_networkx_labels(g, pos, font_size=30, font_family='IPAexGothic', dpi=2000)
plt.axis('off')
plt.title('関連会社', fontsize=20)
plt.savefig("company.png")
plt.show()

Comments

[退会済みユーザー]

ご回答ありがとうございます！

Answer 2

https://github.com/cytoscape/cytoscape-jupyter-widget

上記のようなウィジェットがあるので、これを入れればjupyter上でグラフの操作が可能ですが、(私自身のブログにもちょこっと載せてますが)色々導入の際にエラーやら障壁があったりします。
ですので、素直に可視化するだけならばnetworkxを使って作成したグラフを

nx.write_gml(G, "pagerank.gml")

と保存してしまって、cytoscapeのソフト自体をインストールして起動して、.gmlを読み込んで可視化するのが一番だと思います。cytoscapeだと基本的なネットワーク指標も出てきますし、可視化方法もたくさんあるので便利です。

参考資料：
cytoscapeのURL
http://www.cytoscape.org/
実際の活用例
https://qiita.com/a-lilas/items/d7654def2fa831c0dfdf

Comments

[退会済みユーザー]

ご回答ありがとうございます！
cytoscape試してみましたが、上手くいきません。。
Desktop上の .gmlをcytoscapeの左側にドロップすればいいのでしょうか？

[退会済みユーザー]

スクリーンショットを追加しました。

[bamboo-nova]

最初に起動した時のポップアップ画面をcloseボタンを押して、ツールバーのFile->Import->Network->Fileで保存したネットワークモデルを開きます。

あとは、上のツールバーのLayout->yFiles LayoutでOrganicとかいろんなレイアウトがあるので初めはそれで形を整えて、自分の好きな形にノードをドラッグして移動させると良いと思います。

[退会済みユーザー]

ありがとうございます！
importしようとすると追加した画像のエラーが出ます。。
これは保存の仕方に問題があるのでしょうか？

[bamboo-nova]

実例URLにも掲載されているのですが、nx.set_node_attributesでノードに属性を設定する必要があります。詳しくは、前に送ったURLを参考にしてみてください。

あくまで一例ですが、
company = dict([(i, str(i)) for i in range(nx.number_of_nodes(G))])
nx.set_node_attributes(G, company,"company")
nx.write_gml(G, "pagerank.gml")

参考資料：
https://qiita.com/kzm4269/items/081ff2fdb8a6b0a6112f

[退会済みユーザー]

何度ももうしわけありません。。
上記のコードのおかげでimportはできるようになったのですが、追加画像のようになってしまって。。
やはり保存の仕方に問題があるのでしょうか..?

[bamboo-nova]

nx.write_graphml(G, "another.graphml", encoding='utf-8')
日本語で表示したいときはこれでいけます。

[bamboo-nova]

原因は日本語による文字化けです。

[退会済みユーザー]

おおお！
ありがとうございます！
とても助かりましたm(__)m