networkxで任意のノードだけを表示する方法

Question

複数のイベントで行なわれた会社のつながりをnetworkxで可視化しました。
下記のコードで重要性の高い会社はノードが大きく、色が濃くなるようにしてありますが、重要性の低い会社（下記の画像でいうとpagerankが0.05以下の会社）を非表示にする方法はありますでしょうか？
どなたかご教授よろしくお願いいたしますm(__)m

g = Graph()
g = nx.read_edgelist('company.txt', nodetype=str)
pos = nx.spring_layout(g, k=0.7)

plt.figure(figsize=(15,15))
pr = nx.pagerank(g)
nx.draw_networkx_edges(g, pos, edge_color='goldenrod', alpha=0.5)
#node_sizeにPageRankの値を組み込む
nx.draw_networkx_nodes(g, pos, node_color=list(pr.values()), cmap=plt.cm.Oranges,alpha=1, node_size=[10000*v for v in pr.values()], font_family='IPAexGothic')
nx.draw_networkx_labels(g, pos, font_size=30, font_family='IPAexGothic', dpi=2000)
plt.axis('off')
plt.title('関連会社', fontsize=20)
plt.savefig("company.png")

【pagerank一覧】

{'A社': 0.13339570847783982,
 'D社': 0.08065902722055224,
 'E社': 0.09550754940611829,
 'J社': 0.032935844790803914,
 'C社': 0.10823464774126176,
 'K社': 0.044458657843357,
 'I社': 0.044265431891963115,
 'F社': 0.08514064038527677,
 'L社': 0.04681899300775012,
 'B社': 0.09569284792241822,
 'G社': 0.06193254473679713,
 'Q社': 0.033120008178905855,
 'M社': 0.05815764267220127,
 'R社': 0.044458657843357,
 'O社': 0.03522179788139736}

Answer 1

一例ですが、ネットワークにする前に元のデータをマスクするやり方があります。見たところ無向グラフのようですので、もしもテキストファイルが隣接行列を表しているならば、ファイルを開いてデータフレーム(df)に変換した後に

tmp_df = df.mask(np.triu(np.ones(df.shape)).astype(bool) | (df < 閾値))
edge_lists = tmp_df.stack().reset_index().apply(tuple, axis=1).values

G = nx.Graph()
G.add_weighted_edges_from(edge_lists)

の操作で解決できると思います。

参考資料
https://teratail.com/questions/129715

質問コメントに対する追記
すみません、元々が0or1の隣接行列の場合には、解析する前にページランク解析で取得した辞書でフィルタして、対象に引っかかったノードを削除すれば大丈夫だと思います。

pr = nx.pagerank(G)
pos1 = nx.spring_layout(G)

# 0.05より低いノードを取り出すフィルタ
filters = {k: v for k, v in pr.items() if v < 0.05}
# 0.05より高いノード(表示させるノード)を取り出すフィルタ
ok = {k: v for k, v in pr.items() if v > 0.05}
# ネットワークから0.05より低いノードを取り除く
G.remove_nodes_from(filters.keys())

# 描画
plt.figure(figsize=(30, 30))
nx.draw_networkx_edges(G, pos1)
# pr.values()ではなくok.values()
nx.draw_networkx_nodes(G, pos=pos1, node_color=list(ok.values()), cmap=plt.cm.Reds, font_family='IPAexGothic', node_size=[100000*v for v in ok.values()])
nx.draw_networkx_labels(G,pos1,font_size=10, font_family='IPAexGothic')

plt.axis('off')
plt.show()

Comments

[退会済みユーザー]

ご回答ありがとうございます！
company.txtをdfに変換し上記コードで作成したところ、下記エラーが発生してしまいました。。

TypeError: '<' not supported between instances of 'str' and 'float'

[bamboo-nova]

(df < 閾値)
おそらくこの部分の処理を行う際にstrやfloat型があるせいで、<の演算子が適用できないことを意味しているので、一度データフレームのデータの型を(df.dtypeとかで)確認していただいて、文字列(str)やfloatが含まれていたら、
df.astype(int)
のように型を変換していただければと思います。

[退会済みユーザー]

company.txtをdfに変換したdf_companyが以下のような内容なのですが、これではダメということでしょうか？

one two
0 A社 D社
1 A社 C社
2 A社 B社
3 A社 C社
4 A社 D社
5 A社 B社
6 B社 D社
7 B社 C社
8 A社 B社
9 B社 C社
10 B社 D社

[bamboo-nova]

テキストファイルの中身はエッジの組み合わせ何ですね。
nx.to_pandas_adjacency(g)という便利なのがあるので、無理やりデータフレームにせずとも

g = nx.Graph()
g = nx.read_edgelist(''company.txt", nodetype=str)

df = nx.to_pandas_adjacency(g)
でデータフレームの形式で隣接行列に変換できます。あとは、質問で回答したプログラムを使えば閾値でマスキングができると思います。

[退会済みユーザー]

ありがとうございます！
上記の方法で試したところ、抽出した画像に変化が見られませんでした。
おかしいと思い、print(edge_lists)してみたところ、すべての要素の閾値が1.0でした。。

[bamboo-nova]

追記します。

[退会済みユーザー]

おおおおおおおおおお！
ありがとうございます！
無事解決できました。助かりましたm(__)m