さくらインターネットの公式情報は見つけられなかったのですが、「さくらのレンタルサーバ」では、Apache のコンテントネゴシエーション の Multiviews が、有効になっているようです。(あるイベントで非公式に聞いたときはそのような話がありました)
そのため、上記ドキュメントに記載されている
'Multiviews' を使って、サーバが暗黙の内にファイル名にパターン照合を 行なってその結果から選択する方法。
が、動作して拡張子が補完されていると思われます。
具体的な動作は、上記のドキュメントから引用すると下記のとおりで、質問に書かれている動作と一致すると思います。
MultiViews の効果は以下のようになります: サーバが /some/dir/foo へのリクエストを受け取り、/some/dir で MultiViews が有効であって、 /some/dir/foo が存在しない場合、 サーバはディレクトリを読んで foo.* にあてはまる全てのファイルを探し、 事実上それらのファイルをマップするタイプマップを作ります。 そのとき、メディアタイプとコンテントエンコーディングは、そのファイル名を 直接指定したときと同じものが割り当てられます。 それからクライアントの要求に一番合うものを選びます。
ここまでが前置き...
さくらのレンタルサーバで無効にしたいという質問と判断しましたが、サポート情報の存在しないページがブラウザに表示されます に
【パターン2】
ファイル拡張子がなくても、ファイル名を表示することができます
(略)
回避方法
パターン2
サーバ全般に関わるためお客様ごとに設定を変更することはできません。
とありますので、ユーザーでは変更できないと思います。