質問者のレベルが不明なので、大きく予想したうえでの回答になります。
最近HTMLなどのWebサイト作成の学習をしています。
とのことから、スキルはHTML/CSSのみ&制作未経験レベルという前提です。
とすると、それぞれに必要な技術の前に、どういうことがしたいときにどういった知識が必要になるか、という知識を身につける必要があるとおもうので、それについて回答いたします。
HTML/CSS
ブラウザに表示するものを作成する場合、必須です。
HTMLやCSSを使用しないで作成してあるサイトはありませんし、
あったとしてもHTMLの知識があることを前提に作成していく形になるとおもいます。
JavaScript
ブラウザでプログラム(HTMLとCSSでは出来ないことの全て)を実装するにはJavaScriptが必要になります。
JavaScriptというのはブラウザ用のプログラミング言語、つまりクライアントサイド言語ということになります。
ボタンをクリックしたときに○○する、など、基本的な処理ですらJavaScriptを使用しない例はほとんど無いと思います。
サーバーサイド言語
PHP、Ruby、Python、Node.jsなどと呼ばれる言語のことです。他にもたくさんあります。
ブラウザの一画面で完結できないことを実装したり、ユーザーのPCからは見られたくない処理やデータがある際にはサーバーサイド言語が必要になります。
データの保存・共有・参照などや、JavaScriptとデータベースの橋渡しをするためにも必要になってきます。
ブラウザの一画面だけで解決できないプログラムは全てサーバーとサーバーサイド言語を使うことになります。
データベース
MySQLやSQLiteなどのシステムのことです。他にもたくさんあります。
サーバーに保存したデータを効率よく保存、取り出し、管理などするためにデータベースの知識が必要になります。
つまりログイン認証だろうが、間違えた問題の復習だろうが、それ自体のデータが管理されていないとどうにもならないことにはだいたい必要になってきます。
Linux
サーバーを作るときに必要になります。
サーバーを自分で構築せずに、あらかじめ簡単に作成できるように提供してくれてるサービスを使うのであれば、不要な場合もありますが、それを使うならそのサービスについての勉強は必要になります。
なんにせよ、他の言語より先に覚えなくてはいけないというパターンは少ないと思います。
何をどのような順番で学習すればいいのか教えて下さい、よろしくお願い致します。
ひとまずは
HTML/CSS → JavaScript と勉強して、まずはブラウザの一画面で完結できるシステムを作れるようになってから、PHPやLinuxやデータベースなどについて学んだ方が良いと思います。
もちろん、これが絶対的な答えというわけではありませんし、PHPの代わりに他のサーバーサイド言語を使用するのも全然ありだと思います。
今回の目的においてはJavaの知識はなくても実装できると思います。