file(filename)がエラーになってしまう。

Question

現在、オライリーの集合知プログラミングで階層クラスリングを学ぶ際に、データファイルを読み込むための関数を作る際にfile(filename)がエラーになってしまいます。

from math import sqrt


def readfile(filename):
    lines = [line for line in file(filename)]
    # 最初の行は列のタイトル
    colnames = lines[0].strip().split('\t')[1:]
    rownames = []
    data = []
    for line in lines[1:]:
        p = line.strip().split('\t')
        # それぞれの行の最初の列は行の名前
        rownames.append(p[0])
        # 行の残りの部分がそのぎょうのデータ
        data.append([float(x) for x in p[1:]])
    return rownames, colnames, data


# ピアソンによる相関関係のスコアを調べる


def pearson(v1, v2):
    # 単純な合計
    sum1 = sum(v1)
    sum2 = sum(v2)

    # 平方の合計
    sum1Sq = sum([pow(v, 2) for v in v1])
    sum2Sq = sum([pow(v, 2) for v in v2])

    # 積の合計
    pSum = sum([v1[i] * v2[i] for i in range(len(v1))])

    # ピアソンによるスコアを算出
    num = pSum - (sum1 * sum2 / len(v1))
    den = sqrt((sum1Sq - pow(sum1, 2) / len(v1))
               * (sum2Sq - pow(sum2, 2) / len(v1)))
    if den == 0:
        return 0

    return 1.0 - num / den

# 階層的なツリーを表現するにおいて全てのプロパティを持つ クラスタ型


class bicluster:
    def __init__(self, vec, left=None, right=None, distance=0.0, id=None):
        self.left = left
        self.right = right
        self.vec = vec
        self.id = id
        self.distance = distance


def hcluster(rows, distance=pearson):
    distances = {}
    currentclustid = -1
    # クラスタは最初は行たち
    clust = [bicluster(rows[i], id=i) for i in range(len(rows))]
    while len(clust) > 1:
        lowestpair = (0, 1)
        closest = distance(clust[0].vec, clust[1].vec)
        # 全ての組をループし、もっとも距離の近い組を探す
        for i in range(len(clust)):
            for j in range(i + 1, len(clust)):
                # 距離をキャッシュしてあればそれを使う
                if (clust[i].id, clust[j].id) not in distances:
                    distances[(clust[i].id, clust[j].id)] = distance(
                        clust[i].vec, clust[j].vec)
                d = distances[(clust[i].id, clust[j].id)]

                if d < closest:
                    closest = d
                    lowestpair = (i, j)
        # 二つのクラスタの平均を計算する
        mergevec = [
            (clust[lowestpair[0]].vec[i] + clust[lowestpair[1]].vec[i]) / 2.0
            for i in range(len(clust[0].vec))]
        newcluster = bicluster(mergevec, left=clust[lowestpair[0]],
                               right=clust[lowestpair[1]],
                               distance=closest, id=currentclustid)
        # 元のセットではないクラスタのIDは負にする
        currentclustid -= 1
        del clust[lowestpair[1]]
        del clust[lowestpair[0]]
        clust.append(newcluster)
    return clust[0]

のコードの中の

def readfile(filename):
    lines = [line for line in file(filename)]
    # 最初の行は列のタイトル
    colnames = lines[0].strip().split('\t')[1:]
    rownames = []
    data = []
    for line in lines[1:]:
        p = line.strip().split('\t')
        # それぞれの行の最初の列は行の名前
        rownames.append(p[0])
        # 行の残りの部分がそのぎょうのデータ
        data.append([float(x) for x in p[1:]])
    return rownames, colnames, data

ここのfile(filename)がエラーになってしまいます。

 File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/Users/kajimurarita/Desktop/python_project/clusters.py", line 6, in readfile
    lines = [line for line in file(filename)]
NameError: name 'file' is not defined

申し訳ないのですが助言がいただければと思います。よろしくお願いします。

Comments

[tiitoi]

file という組み込み関数は Python にはないので、file() という関数も書籍のどこかで定義されていて、それを転記し忘れているのではないでしょうか

[kajirita2002]

ご回答ありがとうございます。確認しましたがfile()という関数の定義はどこにもありませんでした。

[tiitoi]

すみません。調べたら、昔は file() という関数があったみたいですが、Python 3系では削除されたみたいですね。
https://docs.python.org/2/library/functions.html#file
おそらく、書籍が書かれたのが昔なのでしょう。

[kajirita2002]

そうなんですね！わざわざ調べていただきありがとうございました！！！　書籍が古いため、今後は３系で削除されていないかも確認したいと思います！

Answer 1

   lines = open(filename).readlines()

Comments

[kajirita2002]

完璧な回答ありがとうございます！非常に勉強になりました！