Githubのcommitの詳細ページでの操作について言っているのであれば、__Delete file__をクリックしてもすぐに削除が始まるのではなく、クリックした・・・がついていたファイルを削除するcommitをする操作が始まります。
確認した限りではすでに削除されたファイルの・・・メニューの__Delete file__はグレーアウトするので押すことができません。削除したはずのファイルでこのメニューが有効であるのならば正しく削除できていない可能性があるので__Delete file__をクリックしてcommitを作ってもいいかもしれません。
このLoad diffは表示上省略された実際の差を表示するボタンで、押した場合は下の画像の様にファイルが空になっている様子を見ることができます。ファイルを削除する場合はすべての行が削除され、This file was deleteがそれを説明しているので表示が省略されているのです。
(f2e4af161dc835ac4bf473ad3fa60ded.png)
また、gitの差分を保存するという性質上、commitの中から「そのファイルを削除した」という表示を消し去ることはできません。どうしても公開してはいけないものをpushしてしまったのなら、リポジトリを削除するかprivateにしてすべての人に見られなくすることが必要かと思います。
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