元々、Subversionは過去の履歴を削除出来ないようにするためのツールなので、結構大変です!
それでも、どうしても削除したい場合は、下記ページがとても参考になります。
[巨大なリポジトリから多数の不要ファイルを恒久的に削除する方法](http://dqn.sakusakutto.jp/2012/08/svndumpfilter_subversion.html)
対象リポジトリがそれ程巨大で無いなら、git-svn を使って一旦Gitに取り込み、過去のリビジョンを操作してから、新規のSubversionリポジトリへ突っ込むというやり方もあるかもしれません。ただし、こちらは単なる思い付きで、実績はないので話のネタ程度に・・・