3次元データを順番に読み込み方法

前提・実現したいこと

3次元のvolumeデータ(xyz=100010001000)から
10001000(xy)の画像でz軸1番
10001000(xy)の画像でz軸2番
10001000(xy)の画像でz軸3番
の3枚の画像に同一処理をかけて連結させて保存します。

そのまま次は
10001000(xy)の画像でz軸4番
10001000(xy)の画像でz軸5番
10001000(xy)の画像でz軸6番
の3枚の画像に同一処理をかけて連結させて保存します。

これを繰り返します。

3次元volumeを2次元データ(1000個)にわけて
1000*1000の2次元画像3枚を同一処理かけて連結させて保存することはできています。
それを3次元のまま処理できるように改良しようと思っています。

発生している問題・エラーメッセージ

100010001000は大きすぎて配列にはいりません。
そのため、100010001000を読み込まずに、
最初は100010001と100010002と100010003を順番に読み込んで処理をかける方法を考えています。

どうすれば読み込みを順番にできるのでしょうか？

エラーメッセージ

配列が大きすぎる

該当のソースコード

float org[４][IMG_YSIZE][IMG_XSIZE][IMG_ZSIZE];
float tch[IMG_YSIZE][IMG_XSIZE][IMG_ZSIZE];

C++
1
2define IMG_XSIZE 1000	//画像Xサイズ
3#define IMG_YSIZE 1000	//画像Yサイズ
4#define IMG_ZSIZE 1000	//画像Zサイズ
5#define PIXEL_BYTE 1	//画像タイプ
6
7//配列確保
8float org[4][IMG_YSIZE][IMG_XSIZE][IMG_ZSIZE];
9float tch[IMG_YSIZE][IMG_XSIZE][IMG_ZSIZE];
10
11void main()
12{
13	int fd;	
14	long fsize;	
15	//入力
16	char inputfname[][256]="C:/work/animal/1000*1000*1000.raw";
17	char nambar[]=	"1";
18
19	//出力
20	char head[]="C:/work/output/animal";
21	char outputfname[256];
22
23	読み込み
24	fd=open(input_fname[seq_no],O_RDONLY | O_BINARY);//ファイルのオープン
25	fsize=IMG_XSIZE*IMG_YSIZE*IMG_ZSIZE*PIXEL_BYTE;	
26	read(fd,org[seq_no],fsize);	
27	close(fd);	
28
29        
30	/////
31	処理
32	/////		
33	
34	
35	出力		
36	sprintf(output_fname,"8bit_%03d_1000x1000.raw",head,numbar);
37	fd=_open(output_fname,O_CREAT|O_RDWR|O_BINARY,_S_IREAD|_S_IWRITE);	
38	fsize=IMG_XSIZE*IMG_YSIZE*IMG_ZSIZE*PIXEL_BYTE;					
39	write(fd,patch,fsize);													
40	close(fd);																
41
42
43	return;
44}
45

試したこと

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

行動規範の内容に同意します

回答1件

ベストアンサー

read関数の第三引数が一度に読み込むサイズなのでを一度に処理したい分のバッファを確保してそこにそのサイズを指定すればよいです。読み込んだ分だけシーク位置が進むのでまた必要分、読み込めばいいです。

だいたいこんな感じです。

C
1int fd;
2static float buff[1*1000*1000]
3ssize_t read_len;
4
5fd = open(filename, O_RDONLY | O_BINARY);
6
7while( (read_len = read(fd, buff, sizeof(buff))) > 0){
8    /* read_lenのサイズ分処理する */
9}
10
11close(fd);