git でよくわからない状態になってしまいました。 解決策を教えてください。

Question

前提・実現したいこと

ここに質問の内容を詳しく書いてください。
（例）PHP(CakePHP)で●●なシステムを作っています。
■■な機能を実装中に以下のエラーメッセージが発生しました。

発生している問題・エラーメッセージ

gitで、よくわからない状態になっています。
新しいレポジトリーにプッシュしようとしても、うまくいきません。
初期化すれば治るのかな？と思っているんですがどうしたら、いいでしょうか。
最近勉強したばかりで、チンプンカンプンです。

該当のソースコード

$ git status
warning: could not open directory 'Application Data/': Permission denied
warning: could not open directory 'Cookies/': Permission denied
warning: could not open directory 'Local Settings/': Permission denied
warning: could not open directory 'My Documents/': Permission denied
warning: could not open directory 'NetHood/': Permission denied
warning: could not open directory 'PrintHood/': Permission denied
warning: could not open directory 'Recent/': Permission denied
warning: could not open directory 'SendTo/': Permission denied
warning: could not open directory 'Templates/': Permission denied
warning: could not open directory 'スタート メニュー/': Permission denied
On branch master
Changes not staged for commit:
  (use "git add <file>..." to update what will be committed)
  (use "git restore <file>..." to discard changes in working directory)
        modified:   Desktop/porfolio2/index.html.html

Untracked files:
  (use "git add <file>..." to include in what will be committed)
        .BigNox/
        .android/
        .atom/
        .bash_history
        .gitconfig
        3D Objects/
        AppData/
        Contacts/
        Creative Cloud Files/
        Desktop/123/
        Desktop/1500965779191.jpg
        Desktop/7-Zip File Manager.lnk
        Desktop/Atom.lnk
        Desktop/Chatwork.lnk
        Desktop/IMG_20160810_143453.jpg
        Desktop/Lightroom.lnk
        Desktop/MPC-BE x64.lnk
        Desktop/Microsoft Edge.lnk
        Desktop/Multi-Drive.lnk
        Desktop/Nox.lnk
        Desktop/SourceTreeSetup-3.1.3.exe
        Desktop/Sourcetree.lnk
        Desktop/desktop.ini
        "Desktop/ffftp - \343\202\267\343\203\247\343\203\274\343\203\210\343\2023\203\210.lnk"
        Desktop/kissani.url
        Desktop/mypage/
        Desktop/onetaro1.github.io-master/
        Desktop/portfolio/
        Desktop/respons/
        Desktop/siin/
        Desktop/twitter.url
        Desktop/youtube.url
        "Desktop/\343\202\242\343\203\211\343\203\254\343\202\271\343\200\200\343
        "Desktop/\344\275\277\347\224\250\346\270\210\343\201\277/"
        "Desktop/\344\277\235\345\255\230\345\205\210/"
        "Desktop/\346\212\225\347\250\277\347\242\272\345\256\232\347\224\250 - \247\343\203\274\343\203\210\343\202\253\343\203\203\343\203\210.lnk"
        "Desktop/\347\224\273\345\203\217\347\264\240\346\235\220sample/"
        "Desktop/\347\251\272\343\201\215\345\256\271\351\207\217\343\203\241\343
        "Desktop/\347\267\264\347\277\222\343\203\206\343\202\271\343\203\210\347
        "Desktop/\350\252\262\351\241\214/"
        "Desktop/\351\201\216\347\250\213/"
        Documents/
        Downloads/
        Favorites/
        IntelGraphicsProfiles/
        Links/
        MicrosoftEdgeBackups/
        Music/
        NTUSER.DAT
        NTUSER.DAT{f6228f2c-bcd3-11e9-8f77-c006a22bd8cc}.TM.blf
        NTUSER.DAT{f6228f2c-bcd3-11e9-8f77-c006a22bd8cc}.TMContainer0000000000000
        NTUSER.DAT{f6228f2c-bcd3-11e9-8f77-c006a22bd8cc}.TMContainer0000000000000
        OneDrive/
        Pictures/
        README.md
        Saved Games/
        Searches/
        Videos/
        d4ac4633ebd6440fa397b84f1bc94a3c.7z
        inittk.ini
        inst.ini
        ntuser.dat.LOG1
        ntuser.dat.LOG2
        ntuser.ini
        nuuid.ini
        useruid.ini
        vmlogs/

no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")

試したこと

git hubのリモートを削除してみたりしました。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

ここにより詳細な情報を記載してください。

Comments

[kagilinn]

おかしなことになっているのは間違い無いですが、これだと情報が足りません。
「前提・実現したいこと」の欄に以下のようなことの記載をお願いします。

・Git で管理したいファイルは何か？
・Git で管理したいファイルは、あなたの手元のコンピュータ上の、どこのフォルダに格納するのか？
・どういう操作を行なった結果こうなったのか？

[nomuken]

リポジトリの名称（トップディレクトリの名前）、どのようなフォルダ/ファイルを置こうと思ったのか、を可能であれば書いてみてください。

Answer 1

Untracked filesに多数のファイルが表示されているのは、上のほうのフォルダでgit initをやってしまい、フォルダに.gitフォルダーが残ってしまっているのではないでしょうか？

$ git rev-parse --show-toplevel

あるいは

$ git rev-parse --git-dir

とやって.gitフォルダーを探し.gitフォルダーの名前を変更してみてください。

Answer 2

とりあえず、別の場所にCloneして、それを修正していけばどうでしょう