java.lang.IndexOutOfBoundsExceptionが解決できない

Question

前提・実現したいこと

文字を入力して、それと全く同じ文がindex_word.txtにあれば、それが存在する文と同じ行のoutput_word.txtを出力。
これをendかexitと入力されるまで繰り返す。

発生している問題・エラーメッセージ

aとかbと入力すると、

Exception in thread "main" java.lang.IndexOutOfBoundsException: Index -1 out of bounds for length 4
        at java.base/jdk.internal.util.Preconditions.outOfBounds(Preconditions.java:64)
        at java.base/jdk.internal.util.Preconditions.outOfBoundsCheckIndex(Preconditions.java:70)
        at java.base/jdk.internal.util.Preconditions.checkIndex(Preconditions.java:248)
        at java.base/java.util.Objects.checkIndex(Objects.java:372)
        at java.base/java.util.ArrayList.get(ArrayList.java:458)
        at Mathmagic.baseTalk(Mathmagic.java:24)
        at Mathmagic.main(Mathmagic.java:16)

となる。それ以外正常。

該当のソースコード

import java.io.BufferedReader;
import java.io.InputStreamReader;
import java.io.IOException;
import java.io.File;
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
import java.util.Scanner;
import java.io.FileNotFoundException;

class Mathmagic {
    public static void main(String []args){
        System.out.println("Please write here.");
        List input = Scanner(library.file);
        List output = Scanner(library.file2);

        baseTalk(input,output);

    }
    private static void baseTalk(List input, List output){
        String str = "";
        while (!(str.equals("end")||str.equals("exit"))) {
            str = BufferedReader();
            if(input.contains(str)&&input.size()==output.size()){
                System.out.println(output.get(output.indexOf(str)));
            }
            else System.out.println("error:Not defined");
        }
    }

    private static String BufferedReader(){
        String str = null;
        try {
            BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
            str = br.readLine();
        }catch (IOException ignored){

        }
        return str;
    }
    private static List Scanner(File file){
        List<String> input = new ArrayList<>();
        try(Scanner sc = new Scanner(file)){
            while (sc.hasNextLine()){
                input.add(sc.nextLine());
            }
        }catch (FileNotFoundException e){
            e.printStackTrace();
        }
        return input;
    }
}

class library{
    static File file = new File("word_input.txt");
    static File file2 = new File("word_output.txt");
}

input_word.txtとoutput_word.txtの内容は全く同じで、以下の通り。

a
b

試したこと

input_word.txtにのっているaとかbを入力したときのみエラー。
のっていない場合は正常。
endとexitで終了させることは可能。
しかし、解決策は分からない。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

Windows10,Java12

Answer 1

ScannerとかBufferedReaderとか、メソッド名を既存のクラス名とまったく同じにするのはやめてください。

問題はここです。

System.out.println(output.get(output.indexOf(str)));

List#indexOfはList内に目的のオブジェクトが見つからなかった場合、-1を返します。
それがList#getに渡った場合、当然-1はインデックスの範囲外なので、ご提示の例外が発生します。

修正案ですが、そもそも何をしたいのかよくわからないので回答できません。
原因としては、同じに見えているだけで見えない空白文字が混ざっているとかでしょうか。