pythonのimport errorについて

Question

pythonのimport errorについて
あらかじめ以下のコマンドをたたいておいた。

conda install -c conda-forge matplotlib-venn

その後、jupyter上で以下のコマンドをたたいた。

from matplotlib_venn import venn3

しかし以下のようなエラーが吐かれてしまった。

ImportError: /home/../.pyenv/versions/anaconda3-4.2.0/lib/python3.5/site-packages/zmq/backend/cython/../../../../.././libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.9' not found (required by /home/../.pyenv/versions/anaconda3-4.2.0/lib/python3.5/site-packages/scipy/sparse/_sparsetools.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so)

`CXXABI_1.3.9' not found

上のCXXABI_1.3.9がないことは分かるのですが、いったいその後どのようにすればよいのかということが分かりません。

https://stackoverflow.com/questions/49875588/importerror-lib64-libstdc-so-6-version-cxxabi-1-3-9-not-found
上記のサイトがある程度有力ではあるとは思うのですが、理解できないため質問させていただきました。

分かる方がいれば回答していただけると恐縮です。

Answer 1

環境依存の問題だと思うので、既に述べられていますがOSやどうやってanacondaをインストールしたか（この場合はpyenvでしょうか？）、インストールされているパッケージのバージョンなどを記載するとより良い解答が得られると思います。anacondaでは conda list でパッケージの一覧が出るようです。

まず、こちらのlibstdc++.so.6という共有ライブラリに組み込まれているバージョンを以下のコマンドで調べてください。

/home/../.pyenv/versions/anaconda3-4.2.0/lib/python3.5/site-packages/zmq/backend/cython/../../../../.././libstdc++.so.6

strings /home/../.pyenv/versions/anaconda3-4.2.0/lib/python3.5/site-packages/zmq/backend/cython/../../../../.././libstdc++.so.6 | grep CXXABI_1.3.9

ここで何も出力されなかった場合、conda install libgcc が失敗しているか、最新ではないかもしれません。conda update libgcc で更新できると思います。

CXXABI_1.3.9 という出力があった場合、libstdc++.so.6 は正しいが見つけられていない可能性があります。https://stackoverflow.com/a/49909230 こちらの解答を参考にして、LD_LIBRARY_PATH 環境変数に libstdc++.so.6 が存在するディレクトリを追加してください。この場合だと /home/../.pyenv/versions/anaconda3-4.2.0/lib/python3.5/site-packages/zmq/backend/cython/../../../../.././ です。

違っていたらすみません。

Answer 2

リンク先のgithubのissueの解決方法そのままですが、conda install libgccを実行してgccを最新のものにアップグレードすることで解決できるようです。

Comments

[yu__]

gccを最新のものにアップグレードするするとは具体的に何を実行すればよいのでしょうか？

[mistn]

conda install libgcc を実行すると書いてあるはずですが

[yu__]

そうですよね、すみません。
conda install libgccを実行しても出来ませんでした、エラーが完全に同じでした。

[mistn]

https://github.com/widdowquinn/pyani/issues/96#issuecomment-366835830
scipyをインストールしなおしたら解決したというのもありました。試してみては？
それと私の勝手な思い込みでUbuntuの環境だと思っていたのですがOSはなんですか？
実行環境について詳しく書いておくとほかの人も回答しやすくなると思います。