$ git config --global core.autocrlf input
とすると直ります。
$ git config --list
の結果にcore.autocrlf=trueが含まれていることを確認してくだい。
<※補足>
$ git config --global core.autocrlf input
この設定は、Windowsへのチェックアウト時にCRLFへの変換を行いますが、MacやLinuxへのチェックアウト時はLFのままにします。
また、リポジトリへコミットする際にはLFへの変換を行います。
$ git config --global core.autocrlf true
Windowsで作業する際、この値をtrueに設定しておくと、コードをチェックアウトする際に行末のLFをCRLFに自動変換してくれます。
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