オブジェクトの種類を判別し、得点し、削除する機構

シンプルなのはオーブ自体に種類情報をもたせることでしょうか。
オーブのプレハブにアタッチする下記スクリプトではORB_KIND型のORB_KIND_TYPEというオーブ情報を持ちます。

Orb.cs

    public enum ORB_KIND                        //オーブの種類を定義
    {
        ORB1,
        ORB2,
        ORB3,
        ORB4,
        ORB5,
        ORB6,
    }

    public ORB_KIND ORB_KIND_TYPE; // このオーブ自体が持つ種類データ


    public void DestroyOrb()
    {
        switch (ORB_KIND_TYPE)
        {
            case ORB_KIND.ORB1:
                gameManager.GetComponent<GameManager>().GetGold(100);
                break;

            case ORB_KIND.ORB2:
                gameManager.GetComponent<GameManager>().GetGold(200);
                break;

            case ORB_KIND.ORB3:
                gameManager.GetComponent<GameManager>().GetGold(300);
                break;

            case ORB_KIND.ORB4:
                gameManager.GetComponent<GameManager>().GetGold(400);
                break;

            case ORB_KIND.ORB5:
                gameManager.GetComponent<GameManager>().GetGold(500);
                break;

            case ORB_KIND.ORB6:
                gameManager.GetComponent<GameManager>().GetGold(600);
                break;
        }

        Destroy(trashOrb);

    }

あとはインスタンス化する際にそれぞれのオーブに「君はこの種類のオーブなんだ」という情報をセットしてあげます。

    public GameObject prefab; // Orb.cs をアタッチしたオーブのプレハブをアタッチ

    private void Start() {
        var newObj = Instantiate(prefab) as GameObject;
        newObj.GetComponent<Orb>().ORB_KIND_TYPE = Orb.ORB_KIND.ORB1; // オーブ種類1

        var newObj2 = Instantiate(prefab) as GameObject;
        newObj2.GetComponent<Orb>().ORB_KIND_TYPE = Orb.ORB_KIND.ORB2; // オーブ種類2
    }

インスタンス化したあとに、OrbスクリプトのComponentをもってきてORB_KIND_TYPEを指定してあげます。位置指定してないので同じ位置に2個生成されると思いますが、Hierarchyから見るとORB1とORB2というようにそれぞれ違うStatusがセットされているかと思います。