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pythonのforループと関数の定義について

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marama_ra

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python勉強中の者です。

DNA塩基中の5塩基がどのくらいの数あるか探す(例えばatgccが何個あるかわかる)ために以下のようなプログラムを組んだのですが、試験的に'atgctacgta'をdataに格納したところ、すべて0の表示が出てしまいます。def以降に問題があると思うのですが、どのように解決すればよいかわかりません。0ばかりになってしまう理由を教えていただけると幸いです。

よろしくお願いします。

five_base=list(itertools.product('atgc',repeat=5))
new=[]##新しいリストの作成 必ずfor loopの前!!
for x in five_base:
    y=''.join(x)##間の','の削除
    new.append(y)##リストに順番に並びを格納

def find_five_base(data):
    for x in new : ##xにnewを格納
        print(data.count(x))
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回答 1

checkベストアンサー

0

4^5で1024個になるので膨大すぎて埋もれているだけで、ちゃんと結果は出ているかと。

import itertools

five_base=list(itertools.product('atgc',repeat=5))
new=[]##新しいリストの作成 必ずfor loopの前!!
for x in five_base:
    y=''.join(x)##間の','の削除
    new.append(y)##リストに順番に並びを格納

def find_five_base(data):
    for x in new : ##xにnewを格納
        cnt = data.count(x)
        if cnt > 0:
            print(x, cnt)

find_five_base("atgctacgta")
""" =>
atgct 1
acgta 1
tacgt 1
tgcta 1
gctac 1
ctacg 1
"""

なお、ある程度長いものになるとそのアルゴリズムで探すのは遅すぎて現実的ではないはずです(あ、でも一応O(N)ではあるか。1024回ループされるのが非効率というだけで)。一文字ずつ見る範囲をずらしながらカウントしていった方が効率的でしょう。

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  • 2019/04/02 13:14

    返信が遅くなってしまいすみません汗
    回答ありがとうございますm(_)m
    見落としていたのは迂闊でした....
    まだプログラミングの速度についての知識がないので勉強してみます!

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