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python3 + pandas でエラーがでて実行できない

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KojiDoi

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ubuntuにてpython3のスクリプトを使おうとしたところ、pandasをimportしようとすると失敗するという事態に遭遇しました。
原因と対策をご存じの方、ご教示願えないでしょうか。

発生している問題

以下のような簡単なテストスクリプトを実行しようとしました。

import pandas as pd

df1 = pd.DataFrame({"date":(
"2012-01-01 00:00:00",
"2012-01-01 00:00:00",
"2012-01-02 00:00:00",
"2014-04-18 00:00:00")})

print(df1)


すると以下のようなエラーが返ってきます。

$ python3 dftest1.py                                                                                                                                    [ ~/work ] 
Traceback (most recent call last):
  File "dftest1.py", line 2, in <module>
    import pandas as pd
  File "/usr/lib/python3/dist-packages/pandas/__init__.py", line 7, in <module>
    from pandas import hashtable, tslib, lib
  File "pandas/src/numpy.pxd", line 157, in init pandas.hashtable (pandas/hashtable.c:38262)
  File "/usr/lib/python3/dist-packages/numpy/__init__.py", line 153, in <module>
    from . import add_newdocs
  File "/usr/lib/python3/dist-packages/numpy/add_newdocs.py", line 13, in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
  File "/usr/lib/python3/dist-packages/numpy/lib/__init__.py", line 8, in <module>
    from .type_check import *
  File "/usr/lib/python3/dist-packages/numpy/lib/type_check.py", line 11, in <module>
    import numpy.core.numeric as _nx
  File "/usr/lib/python3/dist-packages/numpy/core/__init__.py", line 6, in <module>
    from . import multiarray
SystemError: initialization of multiarray raised unreported exception

試したこと

エラーメッセージでググっては見ましたが、ヒットしたstackoverflow, googlegroupsのスレッドは私の状況には合致しないようにみえます。(2と3の混同はありえません。)

さらに不思議なことにipython3では問題なく実行できます。
同じバージョンのpythonで実行されているはずであり、なぜこういう違いが出るのか理解できません。

 $ which python3                                                                                                                                         [ ~/work ] 
/usr/bin/python3
kdoi2 5814 [work] $ head `which ipython3`                                                                                                                                 [ ~/work ] 
#! /usr/bin/python3
# EASY-INSTALL-ENTRY-SCRIPT: 'ipython==1.2.1','console_scripts','ipython3'
__requires__ = 'ipython==1.2.1'
import sys
from pkg_resources import load_entry_point

if __name__ == '__main__':
    sys.exit(
        load_entry_point('ipython==1.2.1', 'console_scripts', 'ipython3')()
    )

この問題の原因と対策をご教示願えないでしょうか。

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

$ uname -a
Linux kdoi 3.13.0-163-generic #213-Ubuntu SMP Thu Nov 15 02:19:07 UTC 2018 x86_64 kdoi2
$ python3 -V
Python 3.4.3
$ ipython3 -V
1.2.1

追記

大事なことを書き忘れていました。python3+pandasのスクリプトはつい先日までこのシステム上で問題なく動いていたのです。
ところがいつのまにか動かなくなっていたことを昨日になって発見した次第です。

numpyはちゃんと入っていることになっています。
念の為、apt removeしてapt installし直してみましたが、事態は変わりませんでした。

$ apt install python3-numpy
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
python3-numpy is already the newest version.
The following packages were automatically installed and are no longer required:
  cdbs dh-translations intltool libblas-dev liblapack-dev libncurses5-dev
  linux-headers-3.13.0-119 linux-headers-3.13.0-119-generic

Use 'apt-get autoremove' to remove them.
0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 173 not upgraded.

python3-venyは何故かインストールできません。

#  apt-get install python3-venv
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
E: Unable to locate package python3-venv

なにより納得できないのは、上に書いたように、ipython3からはpandasもnumpyも問題なく使えているということです。これはとりもなおさず当該ライブラリパッケージのインストール自体はできているということで、再インストールや別環境の用意をせずとも素のpythonからこれを使うことは可能であるはずだと思うのです。

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  • tiitoi

    2019/03/21 13:15 編集

    numpy を一旦アンインストールし、最新版に更新してみてはどうでしょうか。
    なんらかの理由で numpy が使う共有ライブラリの読み込みに失敗していると思われます。

    キャンセル

回答 2

+3

このエラーは、numpy が使う共有ライブラリの読み込みに失敗していることが原因です。/usr/bin/python3 のpythonを使っているといういうことは、Ubuntu のシステムのPython3を使っていますが、システムのPython3に不注意にnumpyをインストールするとこのようなことがしばしば発生します。Ubuntu のシステムにインストールする場合、numpy であれば sudo apt python3-numpy、pandas であれば sudo apt python3-pandasというように Ubuntu のパッケージを使うのが本来です。

詳しく書くと長くなるので、一番簡単なのが仮想環境を作成してそれのPythonを使うことだと思うので、その方法だけ書いておきます。まず、python3-venvがインストールできていなければまずそれをインストールします。次に、適当なディレクトリーで以下のコマンドを実行してくさい。 

python3 -m venv .venv # 仮想環境の作成
. .venv/bin/activate  # 仮想環境に入る
pip install panda     # pandas, numpy のインストール

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check解決した方法

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試行錯誤してみた結果、問題点が当初考えていたのと少し違う気がしてきました。読みにくくなってしまっているので、いったんこの質問をクローズして新たに出し直すことにします。

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