git Source Tree 変更していない行が変更として認識されてしまう

Question

CakePHPのプロジェクトを複数人で編集するため、gitを使っています。
gitの操作はSource Treeで行っています。
テキストエディタはAtomです。

私の行った変更は、あるファイルに「1行だけ追記する」という作業だったのですが、Atomで変更を上書きした際、まったく触れていない別の行も変更されたという認識にされてしまいました（画像1）。
上書き保存をする前は、AtomでもSourceTreeでも変更された扱いにはなっておりません。
念のためSourceTreeで、そのファイルに対する変更を全て破棄し、再度1行追記し上書き保存をしましたが、結果は変わらずです。

これを解消する方法はあるでしょうか？
また解消できない場合、変更したHunkだけステージへ移動し、コミットすれば問題は起きないでしょうか？
ご教示くださいますと幸いです。宜しくお願い致します。

頂いたコメントを受けて、以下を調べ直しました。
・diff --strip-trailing-cr で問題のファイルを比較→Sourcetreeと同じ結果になってしまったため、改行コードではないと思う。
・fileコマンドで文字コードも調べる→どちらも「PHP script text, UTF-8 Unicode text」

Atomでの表示例　改行を加えた覚えがない箇所が「変更」と見なされている

SourceTreeでの表示例　変更していない＆見た目にもわからない箇所が「変更」と見なされている

Answer 1

こんにちは。

「改行を加えた覚えがない箇所」は、もしかして、元々不要なインデントスペースが含まれていたものが保存時にエディタによって自動削除されたりしていませんか？
「変更していない＆見た目にもわからない箇所」については、そこがファイルの先頭行でしたら多分BOMが追加/削除されているはずです。
どちらもエディタで設定しているはずの挙動なので、Save/Format/TrailingWhiteSpace等のキーワードで調べてみてください。

Answer 2

文字エンコードと改行コード（CRLF）が怪しいです。
Source Tree では差分確認できないので、他の diff ツールを使って確認してみてください。

Comments

[worker]

ありがとうございます。

[worker]

diff --strip-trailing-cr で問題のファイルを比較してみたのですが、Sourcetreeと同じ結果になってしまったため、改行コードではありませんでした。
また、fileコマンドで文字コードも調べてみましたが、違いはありませんでした。

[nskydiving]

「git diff」コマンドの結果はどうなっていますか？

Answer 3

もとの行の末尾にスペースが含まれていた、ようなことはありませんか？

エディタの設定によっては行末のスペースを全削除するようになっていることがあります。

Comments

[worker]

ありがとうございます。確認したところ、行末スペースはありませんでした。

[maisumakun]

あとは、改行コードが変わっている可能性もあります（とりわけ、Windowsが入る環境ではCRLFが混ざってくることがときどきあります）。

[worker]

共同編集者さんにWindows使用の方がいらっしゃいますので、それかもしれません…。この場合は本当に編集したHunkごとにコミットするのが一番良いでしょうか？

[maisumakun]

本当に改行コードの問題であれば、そのまま保存しておいたほうがいいと思います。

[worker]

分りました。ありがとうございます。