CaboChaをpython3にバインディングする際にエラーが出る

Question

https://qiita.com/woody-kawagoe/items/09c0f89a55701bcf72eb#cabocha

を参考にcabochaをpython3で使えるように試みているのですが、手順のうちの

sudo python setup.py build_ext

の入力を行うと、

In file included from /Users/labosano/anaconda3/include/python3.6m/Python.h:11:
/Users/labosano/anaconda3/bin/../include/c++/v1/limits.h:41:10: fatal error: '__config' file not found
#include <__config>
         ^~~~~~~~~~
1 error generated.
error: command 'x86_64-apple-darwin13.4.0-clang' failed with exit status 1

のようなエラーが発生してしまいます。

調べてみたところ、少し前の

make

の入力後に

In file included from dep.cpp:16:
In file included from ./svm.h:15:
./mmap.h:58:5: warning: unused function 'open__' [-Wunused-function]
int open__(const char* name, int flag) { return open(name, flag); }
    ^
./mmap.h:59:5: warning: unused function 'close__' [-Wunused-function]
int close__(int fd) { return close(fd); }
    ^
2 warnings generated.

のようなエラーが多数見受けられたため、ここが原因なのではないかと踏んでいます。
しかし、いまひとつ原因・解決法がはっきりせず困っております...。
どなたかヒントをご教授いただける方はいませんでしょうか...？
よろしくお願いいたします。

環境:macOS,python3

---

追記2
原因と思われるエラー内容

LaboSanonoMacBook:cabocha-master labosano$ pip install python/
Processing ./python
Building wheels for collected packages: cabocha-python
  Building wheel for cabocha-python (setup.py) ... error
  Complete output from command /Users/labosano/anaconda3/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/private/var/folders/8r/hzsz1dsx5wzbf9g0v381g2gr0000gn/T/pip-req-build-wak99qm4/setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, __file__, 'exec'))" bdist_wheel -d /private/var/folders/8r/hzsz1dsx5wzbf9g0v381g2gr0000gn/T/pip-wheel-ax2uozw8 --python-tag cp36:

error: command 'x86_64-apple-darwin13.4.0-clang' failed with exit status 1

Answer 1

最初からMojaveのマシンでしょうか。

https://github.com/openai/mujoco-py/issues/331#issuecomment-450706301-permalink

sudo open /Library/Developer/CommandLineTools/Packages/macOS_SDK_headers_for_macOS_10.14.pkg 

で動いたりするかもしれません。

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conda install gcc

で状況が変わらないでしょうか。
（ただし、これがいい対処なのかは自信がありません。システムのgccを覆い隠してしまわないかという心配は少しあります）

Comments

[James1201]

ご回答ありがとうございます。
確かにMojaveに最近アップデートしたので、ご提示いただいた内容でmakeの部分のエラーは解消出来たのですが、いまだにsetup.pyのビルドで上記のようなエラーが残ったままでした...。

'__config'

という名前のファイルが無いことと、

'x86_64-apple-darwin13.4.0-clang' failed with exit status 1

というエラー記述はどういった内容を表しているのでしょうか...？

[quickquip]

#include <__config> の行で __config.h のようなファイルがあることを期待しているがそれがない、ということですね。
一応、質問のURLにしたがえばcabochaはソースからインストールしたと思いますがそれで合っていますか? （Homebrewからインストールしたということはないですか?）

[James1201]

すいません。提案いただいた方法を試してしまいました...！
詳細は追記してあります！
また、cabochaのインストール元についてもURL通りに行っています...。
ネットで調べてみても今回と似たような事例はあまりなさそうです...。

[quickquip]

駄目でしたか。失礼しました。
元に戻すのは conda remove gcc でいいかと思います。

[James1201]

conda remove gcc
↑助かりました、有難う御座います...！
config関連のエラーは無理やりファイルを作ってクリア出来た（？）と思われるのですが、次の行程でまたエラーが吐き出されてしまいました...。
調べたところ追記２の内容が原因と思われるのですが、似たようなケースを見ても自分にどう適用すればいいか分からず困っている次第です...！
もしよろしければまたご教授いただけませんか。

[James1201]

/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/include/c++/v1/
にあった'__config'を
/Users/labosano/anaconda3/include/c++/v1
へとコピーしたら全てが上手くいきました！