次のコマンドを試して、その出力を教えて欲しいです。
ちなみに以下では私の Mac 環境での出力も表示させています。(最後の $ echo $PATH と $ cat ~/.zshrc を除いて)
これぐらいの情報がわかると、原因とその対処が判明すると思います。
$ sw_vers
ProductName: Mac OS X
ProductVersion: 10.10.5
BuildVersion: 14F27
$ which atom
/usr/local/bin/atom
$ ls -al /usr/local/bin/atom <-- ↑の出力結果のファイルを ls -al する
lrwxr-xr-x 1 katoy staff 53 12 13 2014 /usr/local/bin/atom@ -> /Applications/Atom.app/Contents/Resources/app/atom.sh
$ ls -al /Applications/Atom.app/Contents/Resources/app/atom.sh <-- ↑のファイルのリンク先を ls -al する
-rwxr-xr-x 1 katoy staff 2725 8 12 14:39 /Applications/Atom.app/Contents/Resources/app/atom.sh*
$ /usr/local/bin/atom --version
1.0.7
$ echo $PATH
$ cat ~/.zshrc
退会済みユーザー
2015/09/23 09:22