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MySQL

MySQL(マイエスキューエル)は、TCX DataKonsultAB社などが開発するRDBMS(リレーショナルデータベースの管理システム)です。世界で最も人気の高いシステムで、オープンソースで開発されています。MySQLデータベースサーバは、高速性と信頼性があり、Linux、UNIX、Windowsなどの複数のプラットフォームで動作することができます。

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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SQLAlchemyからSSHでEC2の踏み台サーバを経由してAWS RDSのデータを参照したい。

ScenesK7

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MySQL

MySQL(マイエスキューエル)は、TCX DataKonsultAB社などが開発するRDBMS(リレーショナルデータベースの管理システム)です。世界で最も人気の高いシステムで、オープンソースで開発されています。MySQLデータベースサーバは、高速性と信頼性があり、Linux、UNIX、Windowsなどの複数のプラットフォームで動作することができます。

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投稿2018/12/16 10:14

編集2018/12/17 05:27

前提・実現したいこと

ここに質問の内容を詳しく書いてください。
SQLAlchemy(Dockerコンテナ内で実行)からAWS RDSのデータを参照しようとしています。
SSHでEC2の踏み台サーバを通してDB(MySQL)サーバのデータを取得しようとしたときにエラーが発生します。

発生している問題・エラーメッセージ

sqlalchemy.exc.OperationalError: (_mysql_exceptions.OperationalError) (2006, "Can't connect to MySQL server on 'DB_HOST' (111)") (Background on this error at: http://sqlalche.me/e/e3q8)

該当のソースコード

Dockerfile

1FROM ubuntu:16.04 2 3USER root 4ENV HOME=/root 5ARG PYTHON_VERSION=3.6.7 6ARG PYTHON_ROOT=$HOME/local/python-$PYTHON_VERSION 7ENV PATH=$PYTHON_ROOT/bin:$PATH 8 9ARG PYENV_ROOT=$HOME/.pyenv 10RUN apt-get update && apt-get -y upgrade 11RUN apt-get -y install \ 12 git \ 13 make \ 14 build-essential \ 15 libssl-dev \ 16 zlib1g-dev \ 17 libbz2-dev \ 18 libreadline-dev \ 19 libsqlite3-dev \ 20 wget \ 21 curl \ 22 llvm \ 23 libncurses5-dev \ 24 libncursesw5-dev \ 25 xz-utils \ 26 tk-dev \ 27 libffi-dev \ 28 liblzma-dev 29RUN git clone https://github.com/pyenv/pyenv.git ~/.pyenv 30RUN $PYENV_ROOT/plugins/python-build/install.sh 31RUN /usr/local/bin/python-build -v $PYTHON_VERSION $PYTHON_ROOT 32RUN rm -rf $PYENV_ROOT 33 34RUN pip install --upgrade pip 35 36RUN /bin/bash -c "debconf-set-selections <<< 'mysql-server mysql-server/root_password password MY_PASSWORD'" && \ 37 /bin/bash -c "debconf-set-selections <<< 'mysql-server mysql-server/root_password_again password MY_PASSWORD'" && \ 38 apt install -y mysql-server libmysqlclient-dev 39VOLUME /var/run/mysqld 40COPY bash_profile /root/.bash_profile 41RUN pip install sshtunnel mysqlclient sqlalchemy 42 43RUN pip install pandas 44 45ARG WORKDIR=$HOME/app 46VOLUME $WORKDIR 47WORKDIR $WORKDIR

bash

1# bash_profile 2touch /var/run/mysqld/mysqld.sock 3chown -R mysql:mysql /var/run/mysqld /var/lib/mysql 4service mysql start 5chmod 600 ./.ssh/*
$ docker run -v $(pwd):/root/app -it IMAGE_NAME bash --login

db.py

1from sshtunnel import SSHTunnelForwarder 2import sqlalchemy 3import pandas as pd 4 5SSH_HOST = 'SSH_HOST_IP' 6SSH_PORT = 22 7SSH_HOST_KEY = None 8SSH_USERNAME = 'ec2-user' 9SSH_PASSWORD = None 10SSH_PKEY = './.ssh/my.pem' 11DB_HOST = 'hoge.rds.amazonaws.com' 12REMOTE_BIND_ADDRESS = (DB_HOST, 3306) 13DB_USER = 'DB_USERNAME' 14DB_PASSWORD = 'DB_PASSWORD' 15DB_PORT = 3306 16DB_NAME = 'db' 17 18with SSHTunnelForwarder(SSH_HOST, SSH_PORT, ssh_host_key=SSH_HOST_KEY, 19 ssh_username=SSH_USERNAME, ssh_password=SSH_PASSWORD, 20 ssh_pkey=SSH_PKEY, 21 remote_bind_address=REMOTE_BIND_ADDRESS) as server: 22 con = sqlalchemy.create_engine( 23 f'mysql+mysqldb://{DB_USER}:{DB_PASSWORD}@{DB_HOST}:{DB_PORT}/{DB_NAME}') 24 data = pd.read_sql('SQL_QUERY', con)

試したこと

コンテナ内のMySQLにrootユーザーでログインはできます。
コマンドラインから直接リモートDBにアクセスするのは、方法がよくわからないため試せていません。

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

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回答1

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自己解決

sshtunnelの使い方を理解していなかったようです。

python

1 con = sqlalchemy.create_engine( 2 f'mysql+mysqldb://{DB_USER}:{DB_PASSWORD}@127.0.0.1:{server.local_bind_port}/{DB_NAME}')

とすることで接続できました。

投稿2018/12/18 03:41

ScenesK7

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