顕微鏡で取得した画像の数値化

Question

顕微鏡で取得した蛍光画像(tiffファイル)をpillowで開き、numpyのarrayで数値化して解析しようとしております。
取得した画像は以下のようなのですが、

img = Image.open("20181011-test_ch3_t1.tif")
img.show()

で開くと、

上の画像のように真ん中の情報の欲しい部分がsaturateしてしまっており、コントラストがまるっきり失われてしまいます。numpy arrayの数値上でもsaturateしてしまい、その部分はまったく同じ数値になっております。
もとの画像の formatはTIFF, sizeは(512, 512), modeはI;16です。
ファイル形式をpngに変えて表示させても、同様な画像になってしまいます。

もとの画像をsaturateさせずに数値情報を得るにはどのようにしたらよろしいのでしょうか？
このサイトでは少しマニアックな質問かもしれないのですが、どなたか教えて頂ければ幸いです。

Answer 1

import cv2
import numpy as np

img = cv2.imread("test.png", cv2.IMREAD_UNCHANGED)  # 画像をオリジナルのまま読み込む。
print(img.dtype)  # uint16

img = cv2.imread("test.png", cv2.IMREAD_GRAYSCALE)  # グレースケール画像として読み込む。
print(img.dtype)  # uint8

cv2.imwrite('sample.png', img)

画像のビット深度が 16bit なので、PIL は対応していない可能性があります。
OpenCV では正常に読み込めました。

Comments

[hiraimar]

ご教示ありがとうございます！
画像を8bitに変更し、PILで再度開いたところ、見た目通りに開きました！
ビット深度には、思考がまったく行きませんでした。ナルホドです。
ご教示がなければ、ますますどハマっていたと思います。
助かりました。
ありがとうございます！！