好みです。
環境変数は大文字、環境変数でないシェル変数は小文字という例は見かけますが、別にどうやってもいいです。
組み込みのシェル変数は、bashだと大文字、tcshだと小文字です。
zshだと両方ありますね。
小文字の環境変数は見かけた事がないので、大文字を期待しているプログラムがもしかしたらあるかも知れません。
##補足追記
Windows環境下で動くシェルでは、環境変数は大文字小文字を統一した方がよさそうです。
CMD
1Z:\>bash
2$ export FOO=1 foo=2
3$ echo $FOO $foo
41 2
5$ cmd
6Microsoft Windows [Version 6.1.7601]
7Copyright (c) 2009 Microsoft Corporation. All rights reserved.
8
9Z:\>set foo
10FOO=1
11foo=2
12
13Z:\>echo %FOO% %foo%
141 1
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2018/09/25 02:47
2018/09/25 03:10