どうやったらapp.configでアクセスできるようになるのか？

from flask import current_appをし、currnt_app.config[""]をグローバルではなく、関数内に書くことでアクセスができるようになる。

使い方はapp.config["TOKEN"]で問題ないはずなのでそれがうまくいってないなら、別のどこかにおかしいところがあるのだと思いますよ。
（というよりもここに引用されているソースからでは、app.config.from_object(config[config_name])で設定がちゃんとされただろうという確信は全然持てないわけです）

import create_app  # ここに書けるのはモジュールなので、__init__.py にあるcreate_app関数であるはずがない
impoet modulename

x = app.config["TOKEN"]  # 引用されたソースに名前appに束縛している箇所、importしている箇所がない

• create_app という名前のモジュールをインポートしているっぽいが、上のコードのcreate_appはモジュールで定義された名前なので、別物のはず。ここでimportしているのは一体なに?

• このappはどこからでてきた?

def create_app(config_name):
    app = Flask(__name__)
    app.config.from_object(config[config_name])  #  引用されたソースに名前configとconfig_nameに束縛している箇所、importしている箇所がない
    return app  # 多分こう

• このconfigやconfig_nameはどこからでてきた?
• つくったappをreturnしてないけどただ捨ててるだけ?

というすべてが謎なコードになっているので、答えれるわけがない。
これが動いているコードではないんだろうな、と思うだけ。
たぶん、引用時の問題だろうとは思うけど……。

前にconfig.from_objectが何をするかを調べたメモがあるので書いておきますね。

引数が文字列の場合

• まず:'を.に変換する。
• __import__(引数) して成功するか確認。成功したら（ロードされているということだから）sys.modules[引数] を返して終わり。
• 初めの.でsplitして、前部分をモジュール名、後部分をオブジェクト名とする。
• まず__import__(モジュール名, None, None, [オブジェクト名]) する。失敗したら __import__(モジュール名) する。どっちかが成功したらモジュールが取り出せたものとして、getattr(モジュール, オブジェクト名)してオブジェクトを取り出す。
• 返ってきた値をdir関数に渡して属性を取り出す。

引数が文字列でない場合引数自身をdirに渡して名前空間を属性を取り出す。

取り出した属性から全てが大文字な(正確にはisupper()が真を返す)属性名だけを選択して、それをキー/値としてconfigに取り込む。

これは理解したのでしょうか?

ということで、このconfig.pyがプロジェクトルート（実行しているスクリプトと同階層）に置かれているという前提条件で、

app.config.from_object('config.config')

が実行されているなら、configに取り込まれると思います。

環境に依って動的に app.config.from_object する相手が変わるなら、実際ここでなにを引数にfrom_objectを読んでいるのかを確かめ、直後に設定が取り出せるかを確認するのがいいと思います。
app.config.from_object が呼ばれているかも確かめられるでしょう。