回答させていただきます。
mysite: プロジェクト
polls: アプリケーション
apps: アプリケーションを格納するためのディレクトリ
まずはappsディレクトリを作成し、その中にpollsを作成または移動してください。
これにより、アプリケーション名は「polls」ではなく「apps.polls」になったと思っていただければ、この後の作業も行えるかと思います。
例えば、今まではアプリケーションを作成した後、settings.pyのINSTALLED_APPSに「polls」と追加したと思いますが、これが「apps.polls」としないと正常に動かなくなってしまいます。
同じように今まで「from polls.views 〜」等と記述していた箇所は、「from apps.polls.views 〜」となります。
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