「Vagrant up で環境を作成すれば、vagrant ssh を使わなくても普通の ssh で接続して php や python を使うことができますが、vagrant ssh をする意味はなんですか?」
ということでしょうか?
Vagrant で作成した環境は、ローカルのどこかのポートが作成した環境の ssh にポートフォワードされているため、おっしゃる通り vagrant ssh しなくても普通の ssh で接続できます。
がしかし、ローカルのどのポートがポートフォワードされるかは可変なため、普通の ssh で接続しようとするとどのポートに接続すればいいか調べる必要があり、とても面倒です。
vagrant ssh なら、自動的にポートフォワードされているローカルのポートに接続されるため、ポート番号を探したりコマンドラインで指定したりする手間が省けます。
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