専門ではないのでざっくりしたことしか言えませんが・・・
自動作曲をどのようにするのかによって違うと思いますが、個人的にはMIDIかWAVEが良いのではないかと思います。
ちなみに、mp3は圧縮形式のことで、oggはコンテナ(音声ファイルや動画ファイルを1つにまとめる入れ物)のことなので、作曲ができた後に考えることだと思われます。
まずはMIDIやWAVE形式で編集し、完成したらmp3形式に圧縮するのがよいのではないでしょうか。
MIDIだと楽譜を作っていくイメージ、WAVEだと波形をいじるイメージみたいです。
「音符の長さを変更」できたほうが良いというのであればMIDIのほうがいいかもしれませんね。
参考:SMFの基礎知識 http://www.hikari-ongaku.com/study/smf.html
バッドをするには、ログインかつ
こちらの条件を満たす必要があります。