やりたいことはわかりますよ。こういうことですよね?
plain
1hoge
2fuga
3# みたいに出力したとして、同じ場所に
4HOGE
5FUGA
6# 等と書き換えていく
「上の行に移る」という制御文字はないので、一行の場合とは同様にはできません。というか、普通の方法では残念ながら実現できません。
やるとしたらcursesを使うことになると思いますが、これはこれで動かせばすぐ分かる通り、画面が一回クリアされてからなんでも好きに描けるというもので、ご要望に叶うかは微妙です。まあ、複数行を上書きするためだけに持ち出すのは、ちと大げさでしょう。一応リンクは張っておきます。
Python で Curses プログラミング — Python 3.6.5 ドキュメント
一行の上書きで必要な情報を表現する算段を考えた方が建設的かと・・・
追記
「簡単にできる方法はない」と思いこんでいましたが、y_waiwaiさんの回答通りANSIエスケープシーケンスを叩けばできました。ごめんなさい。
ただ、環境やターミナルによって、できたりできなかったりするかもしれません。とりあえずGNOME端末はオッケーで、windowsのコマンドプロンプトは無理でした。他はよくわかりません。