おそらくWinscpのコマンドライン機能を使用しているものと推測して回答します。
sftpサーバ側の設定にも依存しますが、基本的には最新のファイルのみを指定してダウンロードする機能はないはずです。
しかし、同期を行うコマンドはありますので、ローカルとリモートのファイルが同一の状態を保つ設定を行うことで結果的に同じような動きを実現することはできます。
ローカルに必要なファイルがコピーされてきたら、その中から必要なファイルを選択、処理してください。
Winscpのバージョンによって指定方法がことなります。
古いバージョン(ではコマンドオプション):
c:\Users\UesrA> "C:\Program Files (x86)\WinSCP\WinSCP.com" UesrA@X.X.X.X /synchronize "C:\Users\UesrA\work-local" "/home/UesrA/work-remote"
新しいバージョン(のスクリプト):
option batch on
option confirm off
open sftp://username:username@IP:22
cd /home/UesrA/work-remote
lcd C:\Users\UesrA\work-local
option transfer binary
synchronize local
close
exit
もし日本語でwinscpのコマンドの結果が出なかった場合は「UTF-8のセッション情報のエンコードを強制ON」してみてください。それで駄目な場合は、こちらをご確認下さい。
https://ameblo.jp/daigoro5656/entry-11455789351.html
https://superuser.com/questions/497857/how-to-change-language-for-non-unicode-programs-in-windows-8
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