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Rをjupyter notebookで起動させる際の問題

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KokiSakai

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Rをjupyter notebookで動かす際に以下のようなプログラムをRstadio上で走らせたのですが、どうやらpbdZMQだけインストールができません。どのように対処すればいいのか教えていただければ幸いです。
mac使用、R ver 3.4.4 

> install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools'))

  There is a binary version available but the source version
  is later:
       binary source needs_compilation
pbdZMQ  0.3-2  0.3-3             FALSE

 URL 'https://cran.rstudio.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/repr_0.13.tgz' を試しています 
Content type 'application/x-gzip' length 64823 bytes (63 KB)
==================================================
downloaded 63 KB

 URL 'https://cran.rstudio.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/IRdisplay_0.4.4.tgz' を試しています 
Content type 'application/x-gzip' length 21760 bytes (21 KB)
==================================================
downloaded 21 KB

 URL 'https://cran.rstudio.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/crayon_1.3.4.tgz' を試しています 
Content type 'application/x-gzip' length 709728 bytes (693 KB)
==================================================
downloaded 693 KB

 URL 'https://cran.rstudio.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/devtools_1.13.5.tgz' を試しています 
Content type 'application/x-gzip' length 439289 bytes (428 KB)
==================================================
downloaded 428 KB


The downloaded binary packages are in
    /var/folders/p6/003prkmx6512r368qtxgxm180000gn/T//RtmpgwzGGk/downloaded_packages
installing the source package ‘pbdZMQ’

 URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/pbdZMQ_0.3-3.tar.gz' を試しています 
Content type 'application/x-gzip' length 1052217 bytes (1.0 MB)
==================================================
downloaded 1.0 MB

* installing *source* package ‘pbdZMQ’ ...
**  パッケージ ‘pbdZMQ’ の解凍および MD5 サムの検証に成功しました 
checking for pkg-config... no

****************** Results of pbdZMQ package configure *****************

>> GET_PKG_CONFIG = no
>> GET_SYSTEM_ZMQ = no
>> PKG_CONFIG = 
>> SYSTEM_ZMQ_INCLUDEDIR = 
>> SYSTEM_ZMQ_LIBDIR = 
>> ENABLE_INTERNAL_ZMQ = no
>> INTERNAL_ZMQ_INCLUDEDIR = ./zmqsrc/include
>> INTERNAL_ZMQ_LIBDIR = ./
>> EXTERNAL_ZMQ_INCLUDE = 
>> EXTERNAL_ZMQ_LDFLAGS = 
>> ZMQ_INCLUDE = -I./zmqsrc/include
>> ZMQ_LDFLAGS = -L./ -lzmq
>> EXT_LIBS = $(R_ZMQ)
>> ZMQ_POLLER = select

************************************************************************

configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
config.status: creating src/build_zmq
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
config.status: creating src/build_zmq
config.status: creating R/zzz.r
** libs
xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
ERROR: compilation failed for package ‘pbdZMQ’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/pbdZMQ’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/pbdZMQ’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘pbdZMQ’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/private/var/folders/p6/003prkmx6512r368qtxgxm180000gn/T/RtmpgwzGGk/downloaded_packages’
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    2018/05/08 13:19

    非常にみにくいので、コード部分は```で囲ってください。

    キャンセル

  • KojiDoi

    2018/05/08 13:21

    https://teratail.com/questions/123033 この質問のLouiS0616さんのコメントを参考にしてください。

    キャンセル

回答 1

checkベストアンサー

0

xcrunが見つからないとか言われているようなので、それに対処する必要があるでしょう。
多分この辺が参考になるのではないでしょうか。
https://blog.keinos.com/20161129_1735

投稿

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  • 2018/05/08 15:19

    ありがとうございます。解決しました。

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