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Dockerから起動したJupyuterノートのディレクトリがわからない

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YoshinagaK

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 前提・実現したいこと

Bempp(https://bempp.com/)というツールを使おうとしています。DockerからインストールしてJupyterノートブックをブラウザから走らせて使います。インストールは成功して、Bemppの例題もいくつかできています。

Bemppでファイルを読み込みたいと思うのですが、どういうディレクトリ構造になっているかがわからず読み込めないでいます。

Bemppのファイル読み込みのコマンド
grid = bempp.api.import_grid('c:\gmsh\test.msh')
を使うと以下のエラーメッセージが出ます。

 発生している問題・エラーメッセージ

IOError                                   Traceback (most recent call last)
<ipython-input-6-f7b8a7b8d8bf> in <module>()
----> 1 grid = bempp.api.import_grid('c:\gmsh\test.msh')

/usr/lib/python2.7/dist-packages/bempp/api/file_interfaces/general_interface.py in import_grid(file_name, return_id_maps)
205                 import_data_sets
206 
--> 207         data_sets = import_data_sets(file_name)
208     elif extension == '.json':
209         # Format is JSON

/usr/lib/python2.7/dist-packages/bempp/api/file_interfaces/gmsh.py in import_data_sets(file_name)
434     (all_vertices, all_vertex_ids, 
435             elements_list, element_ids_list, domain_indices_list) = \
--> 436                     parse_gmsh(file_name)
437     grid_structure = create_grid_structure(all_vertices, all_vertex_ids,
438             elements_list, element_ids_list, domain_indices_list)

/usr/lib/python2.7/dist-packages/bempp/api/file_interfaces/gmsh.py in parse_gmsh(file_name)
102     from IPython import embed
103 
--> 104     with open(file_name, 'rb') as f:
105         while True:
106             s = f.readline().rstrip().decode('utf-8')

IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'c:\\gmsh\test.msh'

 試したこと

Jupyterノートでpwdコマンドで
u'/home/bempp/work'
と回答されます。

 補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

読み込もうとしたのはgmshのメッシュ形式ファイルです。

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回答 2

+2

c: ドライブがあるようですので、Windows を使用しているという想定で回答します。

Jupyter Notebook のサーバーは Docker のコンテナ内で実行されます。コンテナは Linux の仮想化環境の中で動いていますので、普通に docker run しただけですと、Jupyter Notebook のサーバーから、Windows 上のフォルダ・ファイルにアクセスできません。

以下のようにして Windows のフォルダを bempp の Docker コンテナと共有します。

こちらの記事を参考に、Docker の共有ドライブ(Shared Drives)を設定します。C ドライブの Share にチェックマークをつけてください。

次に、もし bempp の Docker コンテナを実行中なら停止します。

ただし、停止すると Jupyter Notebook に保存したファイルは消えてしまいますので、停止前に Docker コンテナから Windows へそれらのファイルをコピーしておきます。docker ps コマンドでコンテナの ID を調べます(ID は docker run するごとに新しい番号が振られます)

> docker ps
CONTAINER ID        IMAGE               COMMAND...
7602ccbccd90        bempp/notebook      "tini -- /usr/local/b"...

上の例ではコンテナ ID は 7602ccbccd90 でした。docker cp コマンドでコンテナ内の Jupyter Notebook のデータディレクトリを Windows へコピーします。

> docker cp 7602ccbccd90:/home/bmpp/work .

これで work ディレクトリが Windows のカレントディレクトリに保存されます。

コンテナを停止しましょう。docker run したときのターミナルが開いているなら、Control + C を押して、y を答えます。ターミナルを開いていないなら docker stop コンテナID コマンドで停止します。

Windows のフォルダを共有する設定(-v オプション)を追加して bempp の Docker コンテナを実行します。

> docker run -it --rm -v c:/gmsh:/home/bempp/work bempp/hotebook

これで Windows の c:/gmsh フォルダが、Jupyter Notebook のサーバー側の /home/bempp/work にマウント(共有)されます。

ウェブブラウザから Jupyter Notebook にアクセスして、grid = bempp.api.import_grid('/home/bempp/work/test.msh') または grid = bempp.api.import_grid('./test.msh') のようにすると、ファイルにアクセスできるはずです。

また上記のように -v オプションを指定した場合は、Jupyter Notebook に保存したファイルが全て c:/gmsh フォルダに書かれますので、コンテナを停止してもそれらのファイルが消えることはありません。

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  • 2018/05/02 17:06

    ありがとうございます。一つ前の回答を受けて解決できましたが、詳しい解説をありがとうございます。

    キャンセル

  • 2018/05/02 17:08

    どういたしましてー

    キャンセル

  • 2018/05/03 06:16

    Bemppは使われていますか。こちらの使い方もわからなくて困っています。Documentsは読んだのですが、そこから自分で例題を解くところまでなかなか持って来れません。ユーザーズマニュアルや例題集のようなものはないのでしょうか。

    キャンセル

  • 2018/05/03 09:53

    私はBemppは使ってないので、ちょっとわからないです。ごめんなさい

    キャンセル

checkベストアンサー

+1

docker cpなどでファイルをイメージ側に送る必要があったような・・・

https://stackoverflow.com/a/31971697/8499046

当方Docker初心者レベルです。

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  • 2018/05/02 15:52

    ありがとうございます。コンテナにコピーすることで解決できました。

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  • 2018/05/02 15:55

    以下の方法でコピーできました。

    Bempp実行中に他のコマンドプロンプトでdocker psでコンテナIDを取得。

    CONTAINER ID IMAGE COMMAND CREATED STATUS PORTS NAMES
    45c479f23ccd bempp/notebook "tini -- /usr/local/…" 2 hours ago Up 2 hours 0.0.0.0:8888->8888/tcp goofy_lovelace

    以下のコマンドでBemppへのコピーができた。

    docker cp test.msh 45c479f23ccd:/home/bempp/work

    キャンセル

  • 2018/05/02 23:00

    詳細ありがとうございます。自分もチャレンジしてみます^^;

    キャンセル

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