const 宣言は、値への読み取り専用の参照を作ります。その値が不変ということではなく、その変数識別子が再代入できないというだけです。たとえば、定数がオブジェクトのコンテンツの場合、オブジェクトのコンテンツ(例 その引数)自体は変更可能です。

https://developer.mozilla.org/ja/docs/Web/JavaScript/Reference/Statements/const

 Object.freeze()

Object.freeze()を使えば、配列やオブジェクトを不変に出来ますが、以下のデモコードの通り、ネストされている場合は可変のままになります。

 配列

//　#1
const list1 = []
list1.push(1);
console.log(list1); //[ 1 ]

//　#2
const list2 = [];
Object.freeze(list2);
//list2.push(2); //TypeError: Can't add property 0, object is not extensible


//　#3
const list3 = [[]];
Object.freeze(list3);
list3[0].push(3);
console.log(list3); // [ [ 3 ] ]

　オブジェクト

//　#1
const obj1 = {
    id: 1
}

obj1.id = 2;
console.log(obj1.id); //2

//　#2
const obj2 = {
    id: 10
}

Object.freeze(obj2);
obj2.id = 20;
console.log(obj2.id); //10

//　#3
const obj3 = {
    id: 100,
    items: {
        id: 1000
    }
}

Object.freeze(obj3);
obj3.items.id = 2000;
console.log(obj3.items.id); //2000

それは配列の中身を変えているからですよ. もちろん, 配列そのものを交換する(変数listへの代入)はエラーとなります.

const list = [];
list = [];//エラー

JavaScript > リファレンス > 文と宣言 > const

const 宣言は、値への読み取り専用の参照を作ります。その値が不変ということではなく、その変数識別子が再代入できないというだけです。たとえば、定数がオブジェクトのコンテンツの場合、オブジェクトのコンテンツ(例 その引数)自体は変更可能です。

ES6のconstを使い倒すレシピ1 - 前提共有編 〜 JSおくのほそ道 #034

constの盲点
ではconst化すれば、あらゆる値の状態変化がないことを保証できるかというと、そうではありません。
const宣言の挙動としては「再代入を許容しない」ことにあります。再代入以外は許容します。

とのことです。

constはあくまで、再代入が不可能になるだけです。オブジェクトの中の各要素までは保護されていません。
このページの例にあるように、配列にpushすることも普通にできます。

https://developer.mozilla.org/ja/docs/Web/JavaScript/Reference/Statements/const

Array オブジェクトはミュータブル（変更可能）だからです。

var a = 1;
var b = a;
a = 2;
a === b; // false

var a = [1];
var b = a;
a[0] = 2;
a === b; // true

ミュータブルな型とイミュータブルな型の相違を知ろう - Qiita

javascriptのconstは、再代入が出来ない（一旦値が入れられたら、後で変えることができない）という意味です。
数字や文字列のようなリテラルだけでなく、質問のコードのように配列を代入することも可能です。

質問のコードで、listの値は、１つの配列(配列への参照)から変わってはいません。

そして、listから参照されているのは配列なので、値を変更したりpushやpopなど、配列で出来る事は何でもできます（配列なのですから）

JavaScriptはオブジェクトについて参照渡しだなんて、信じない

今回の質問はこれが分かりやすいと感じました。
JavaScriptはオブジェクトや、それから派生して作られた配列等は
メモリ空間上に配列がポコンと作られ、list変数にメモリ空間上のアドレス値が格納されます。

console.log([] === []) // false

この結果がfalseになるのは、2つの配列をメモリ空間上に生成してアドレス値同士で比較したからです。
だから違うものとしてfalseが帰ってきます。

constが見張り続けるのはこのメモリ空間上のアドレス値です。
その中にあるメモリ空間内の実体に関しては知らないというスタンスです。

でもまぁ、list.push(hoge)みたいなので変更しまくる場合、心情的にはletを使いたくなりますね。
eslint等ではlist.pushを使いまくったからといって再代入はしていない為、不要なletを許してくれず、constで宣言しろと怒られます。