質問にどのようなタグを関連付ければよいかわからなくて、適切で無かったらすみません。
環境
レンタルサーバー:GMOコアサーバー CORE-MINIプラン
困っていること
以下説明の便宜上、コアサーバーでの登録情報を
ユーザー名:skmskm
サーバー名:m10.coreserver.jp
独自ドメイン名:oreoredomain.com
とします。
レンタルサーバーのルートディレクトリに「public_html」ディレクトリがあり、
管理画面のサイト設定で「http://skmskm.m10.coreserver.jp」というURLがデフォルトで与えられており「public_html」がドキュメントルートになっています。
当該サーバーで独自ドメイン「oreoredomain.com」の設定をすると、そのサイトのドキュメントルートは「public_html」以下にしか置くことができず、自動的に独自ドメインのドキュメントルートは「public_html/ドメイン名」という名前のディレクトリになります。
「public_html/oreoredomain」にはCodeIgniterで作成したWebアプリケーションが置いてあり、先日公開フォルダの外にアプリケーションを置く設定をしました。
そこでふと、
そもそも独自ドメインのディレクトリそのものが「http://skmskm.m10.coreserver.jp」のドキュメントルートである「public_html」の中にあることに気づきました。
試しに「http://skmskm.m10.coreserver.jp/oreoredomain.com/」というURLを打ち込んでみると、案の定独自ドメインのページが表示されてしまいました。
※base_url等の設定が狂っているせいか各種ファイルへのリンクはまともに機能していないグチャグチャの状態です。
なんだか見栄えが悪いので「http://skmskm.m10.coreserver.jp/」から「http://skmskm.m10.coreserver.jp/oreoredomain.com/」へのアクセスを禁止したいのですが、方法がわかりません。
試しに「public_html」の.htaccessに「Deny from all」を書いたら、「http://skmskm.m10.coreserver.jp/oreoredomain.com/」は403になりましたが、同時に「http://oreoredomain.com/」も見れなくなってしまい本末転倒でした。
やりたいこと
現在利用しているレンタルサーバーの環境のまま
1.「http://skmskm.m10.coreserver.jp/」から「http://skmskm.m10.coreserver.jp/oreoredomain.com/」等の子ディレクトリへのアクセスを禁止して
2.「http://oreoredomain.com/」等の各独自ドメインにはアクセスできるようにする
ということは可能でしょうか?

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