変更したファイルがSourceTreeで表示されない

Question

発生している問題

現在、win7上でのSourceTreeをプロジェクトを管理しています。
内容を変更したファイルがSourceTreeに表示されず、コミットが行えず困っています。

以前は正常に動作していたので、何か間違った操作を行い、無視ファイルとして登録されたと思い調査したのですが、解決に至りませんでした。

どなたかご存知でしたらご教授いただけますと幸いです。
よろしくお願いいたします。

試したこと

ブランチ内の.gitignoreを削除しても変わらず。
gitignore_globalファイルは存在せず。
オプション→グローバル無視リストは空の状態。

Git及びSourceTreeの再インストール。

ターミナルからGitコマンドで変更ファイルを直接git addすると、
fatal: ファイル名: ファイル名 is outside repository
というエラーが出て、add出来ません。

新規ファイル作成→git add、git commitまでは可能で、そのファイルの更新から後の作業が出来ません。
他者のプッシュした内容のプルは可能です。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

Win7
SourceTree Ver2.4.8.0
Git 2.15.1（SourceTree内蔵git）

Answer 1

私も変更したファイルがSourceTreeに表示されない状態になりましたが、サブディレクトリに含まれていた .git フォルダを削除したら直りました。
なお、.git フォルダが含まれていなかったサブフォルダは、正しくSourceTreeに表示されていました。以前、一部のサブディレクトリのみを対象に gitで管理していたのを忘れていました。

今更かもしれませんが、ご参考までに回答させていただきました。

Answer 2

その場合、一度ローカル環境のデータは削除して再クローンしてみるのは如何でしょうか。

Comments

[SUPERSHIMPEI]

何度かローカル環境のデータは削除し、クローンしてみているのですが、状況は変わりませんでした。
新しくクローンしたブランチでも同様に、新規作成したファイルの追加は出来るものの、変更が認知されない状況になっています。