MACのAndroidManifest.xmlの場所
MACのAndroidManifest.xmlの場所は下記です。
アプリケーション/Unity/PlaybackEngines/AndroidPlayer/Apk/AndroidManifest.xml

Unity上のAndroidManifest.xmlの設置場所
Assetsフォルダ以下にAndroidフォルダを作成してそこに配置するだけです。後はUnityが自動でマージしてくれます。
設置例
Assets/Plugins/Android/AndroidManifest.xml
詳細はこちらをごらんください。
Unity - マニュアル: android-manifest
https://docs.unity3d.com/jp/current/Manual/android-manifest.html
AndroidManifest.xmlのソース
現在、僕が利用中のUnity2017.3.0p3に含まれるAndroidManifest.xmlです。こちらを使っても問題ないと思います。
xml
1<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
2<manifest
3 xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android"
4 package="com.unity3d.player"
5 xmlns:tools="http://schemas.android.com/tools"
6 android:installLocation="preferExternal"
7 android:versionCode="1"
8 android:versionName="1.0">
9 <supports-screens
10 android:smallScreens="true"
11 android:normalScreens="true"
12 android:largeScreens="true"
13 android:xlargeScreens="true"
14 android:anyDensity="true"/>
15
16 <application
17 android:theme="@style/UnityThemeSelector"
18 android:icon="@drawable/app_icon"
19 android:label="@string/app_name">
20 <activity android:name="com.unity3d.player.UnityPlayerActivity"
21 android:label="@string/app_name">
22 <intent-filter>
23 <action android:name="android.intent.action.MAIN" />
24 <category android:name="android.intent.category.LAUNCHER" />
25 </intent-filter>
26 <meta-data android:name="unityplayer.UnityActivity" android:value="true" />
27 </activity>
28 </application>
29</manifest>
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https://ad-generation.jp/support/help/faqs/zenpan#a