<Files> ディレクティブ のマニュアルに
このセクション中のディレクティブは、ベース名 (ファイル名の最後の部分) が指定されたファイル名にマッチするすべてのオブジェクトに適用されます。
と記載されている通り、Files ディレクティブは、ファイル名のみにマッチし、ディレクトリに対しては、マッチしません。一致しなかった場合は、Files ディレクティブに設定した内容は無視されます。
なお、下記のようにファイル名を対象に設定して
<Files ~ "index.html">
Header set X-Robots-Tag "noindex"
</Files>
アクセスしてみると 下記のように HTTPヘッダは、正しく追加されます。
$ curl --dump-header - http://example.com/test-index.html
HTTP/1.1 200 OK
Date: Tue, 16 Jan 2018 00:35:24 GMT
Server: Apache/2.4.6 (CentOS) OpenSSL/1.0.2k-fips PHP/7.2.1
X-Powered-By: PHP/7.2.1
X-Robots-Tag: noindex
Content-Length: 2332
Content-Type: text/html; charset=UTF-8
どうしてもディレクトリに対してマッチさせたい場合は、htttpd.conf の中で、Directory か Location ディレクティブを使って設定する必要があります。(.htaccess では、設定できません。)
例: httpd.conf の中で、
<Directory ~ "/Test/">
Header set X-Robots-Tag "noindex"
</Directory>
と設定すれば、下記のように設定されました。
$ curl --dump-header - http://example.com/Test/files.html
HTTP/1.1 200 OK
Date: Tue, 16 Jan 2018 00:37:41 GMT
Server: Apache/2.4.6 (CentOS) OpenSSL/1.0.2k-fips PHP/7.2.1
X-Powered-By: PHP/7.2.1
X-Robots-Tag: noindex
Content-Length: 1536
Content-Type: text/html; charset=UTF-8
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