RでのSOM 自己組織化マップ

R初学者です．タイトルの通り，RでSOMをつくりたくいろんなサイトを参考に試行錯誤していますが，うまくいかず困っています．

こちらのサイトを参考に動かしてみました．
http://d.hatena.ne.jp/isseing333/20110224/1298512568

R
1
2library(kohonen)
3library(ggplot2)
4
5#---ここのDimとUseDataを必要に応じて変更する
6Dim     <- 10
7UseData <- do.call(cbind, iris[, -5])
8UseData <- scale(UseData)
9
10
11#------SOMの実行
12GRID      <- somgrid(xdim = Dim, ydim = Dim, topo = "hexa")
13DataSom   <- som(UseData, grid = GRID)
14
15DataHex       <- data.frame(DataSom$codes)
16DataHexStd    <- data.frame(scale(DataHex))
17DataHexStd$x  <- rep(1:Dim, Dim)
18DataHexStd$y  <- rep(1:Dim, rep(Dim, Dim))
19
20#---------グラフ
21HighCol <- "#950000"
22LowCol  <- "#3500BF"
23
24
25#------textの追加
26DataSomMap   <- data.frame(Data = 1:nrow(UseData), 
27		x = DataSom$unit.classif - trunc((DataSom$unit.classif - 1)/Dim) * Dim, 
28		y = trunc((DataSom$unit.classif - 1)/Dim) + 1)
29DataSomMap$x <- DataSomMap$x + runif(nrow(UseData), -0.5, 0.5)
30DataSomMap$y <- DataSomMap$y + runif(nrow(UseData), -0.5, 0.5)
31DataSomMap   <- cbind(DataSomMap, UseData)
32
33
34#------ggplot2
35i <-1
36ggplot(DataHexStd, aes(x, y, col = DataHexStd[, i])) + 
37	scale_colour_gradient2(high = LowCol, low = HighCol) + 
38	geom_point(size = 190 / Dim, shape = 15) + 
39	opts(legend.position = "none", title = names(DataHexStd)[i])
40

しかし下記のようにエラーがでてきます．

R
1> library(kohonen)
2> library(ggplot2)
3> 
4> #---ここのDimとUseDataを必要に応じて変更する
5> Dim     <- 10
6> UseData <- do.call(cbind, iris[, -5])
7> UseData <- scale(UseData)
8> 
9> 
10> #------SOMの実行
11> GRID      <- somgrid(xdim = Dim, ydim = Dim, topo = "hexa")
12> DataSom   <- som(UseData, grid = GRID)
13 som(UseData, grid = GRID) でエラー:  使われていない引数 (grid = GRID) 
14> 
15> DataHex       <- data.frame(DataSom$codes)
16> DataHexStd    <- data.frame(scale(DataHex))
17> DataHexStd$x  <- rep(1:Dim, Dim)
18 `$<-.data.frame`(`*tmp*`, x, value = c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L,  でエラー: 
19  replacement has 100 rows, data has 0
20> DataHexStd$y  <- rep(1:Dim, rep(Dim, Dim))
21 `$<-.data.frame`(`*tmp*`, y, value = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,  でエラー: 
22  replacement has 100 rows, data has 0
23> 
24> #---------グラフ
25> HighCol <- "#950000"
26> LowCol  <- "#3500BF"
27> 
28> 
29> #------textの追加
30> DataSomMap   <- data.frame(Data = 1:nrow(UseData), 
31+ x = DataSom$unit.classif - trunc((DataSom$unit.classif - 1)/Dim) * Dim, 
32+ y = trunc((DataSom$unit.classif - 1)/Dim) + 1)
33 data.frame(Data = 1:nrow(UseData), x = DataSom$unit.classif -  でエラー: 
34   引数に異なる列数のデータフレームが含まれています: 150, 0 
35> DataSomMap$x <- DataSomMap$x + runif(nrow(UseData), -0.5, 0.5)
36 エラー:  オブジェクト 'DataSomMap' がありません 
37> DataSomMap$y <- DataSomMap$y + runif(nrow(UseData), -0.5, 0.5)
38 エラー:  オブジェクト 'DataSomMap' がありません 
39> DataSomMap   <- cbind(DataSomMap, UseData)
40 cbind(DataSomMap, UseData) でエラー: 
41   オブジェクト 'DataSomMap' がありません 
42> 
43> 
44> #------ggplot2
45> i <-1
46> ggplot(DataHexStd, aes(x, y, col = DataHexStd[, i])) + 
47+ scale_colour_gradient2(high = LowCol, low = HighCol) + 
48+ geom_point(size = 190 / Dim, shape = 15) + 
49+ opts(legend.position = "none", title = names(DataHexStd)[i])
50 opts(legend.position = "none", title = names(DataHexStd)[i]) でエラー: 
51   関数 "opts" を見つけることができませんでした
52

将来的にはUseDataに図のようなcsvを入れたいと考えています．
イメージ説明

このエラーの詳細や対策方法などご教授いただけると幸いです．

//追記
Rを再起動したところ，下記のようなエラーが出ました．途中まではうまく通るようになったようです，回答ありがとうございます．

R
1> library(kohonen)
2> library(ggplot2)
3> 
4> #---ここのDimとUseDataを必要に応じて変更する
5> Dim     <- 10
6> UseData <- do.call(cbind, iris[, -5])
7> UseData <- scale(UseData)
8> 
9> 
10> #------SOMの実行
11> GRID      <- somgrid(xdim = Dim, ydim = Dim, topo = "hexa")
12> DataSom   <- som(UseData, grid = GRID)
13> 
14> DataHex       <- data.frame(DataSom$codes)
15> DataHexStd    <- data.frame(scale(DataHex))
16> DataHexStd$x  <- rep(1:Dim, Dim)
17> DataHexStd$y  <- rep(1:Dim, rep(Dim, Dim))
18> 
19> #---------グラフ
20> HighCol <- "#950000"
21> LowCol  <- "#3500BF"
22> 
23> 
24> #------textの追加
25> DataSomMap   <- data.frame(Data = 1:nrow(UseData), 
26+ x = DataSom$unit.classif - trunc((DataSom$unit.classif - 1)/Dim) * Dim, 
27+ y = trunc((DataSom$unit.classif - 1)/Dim) + 1)
28> DataSomMap$x <- DataSomMap$x + runif(nrow(UseData), -0.5, 0.5)
29> DataSomMap$y <- DataSomMap$y + runif(nrow(UseData), -0.5, 0.5)
30> DataSomMap   <- cbind(DataSomMap, UseData)
31> 
32> 
33> #------ggplot2
34> i <-1
35> ggplot(DataHexStd, aes(x, y, col = DataHexStd[, i])) + 
36+ scale_colour_gradient2(high = LowCol, low = HighCol) + 
37+ geom_point(size = 190 / Dim, shape = 15) + 
38+ opts(legend.position = "none", title = names(DataHexStd)[i])
39 opts(legend.position = "none", title = names(DataHexStd)[i]) でエラー: 
40   関数 "opts" を見つけることができませんでした

can110

2018/01/11 05:43

pythonではなくRでは？

kaErita_E

2018/01/11 05:47

大変失礼いたしました。Rでございます。pythonでもできないかと同時に考えていたためおかしなことになってしまいました。

回答1件

ベストアンサー

やってみましたがsom(UseData, grid = GRID) でエラー: 使われていない引数 (grid = GRID)のエラーは再現しませんでした。
そもそも引数gridを受け付けていないというのがおかしいので、可能性として思いつくのは、試行錯誤の過程でsomが別のものに上書きされてしまっていることくらいです。
示されているログでこれ以降に出てくるエラーはいずれもDataSomの作成に失敗していることによる副次的なエラーであるように見えます。

Rを再起動してみても状況は変わらないでしょうか。

投稿2018/01/11 19:08