バッチ処理にて変数を用いたフォルダ指定

%%aではなく%a%では。

追記
ようやく全貌がわかったので修正してみました。

@echo off
setlocal enabledelayedexpansion

set /a ct=0
set /a f=1

for /f %%a in (C:\Users\Documents\temp\imagesize.txt) do (
    if %%a leq 30 (
        move C:\Users\Documents\temp\%ct%.jpg C:\Users\Documents\temp\30_document
    ) else (
        move C:\Users\Documents\temp\%ct%.jpg C:\Users\Documents\temp\%%a_document
    )
    set /a ct=ct+1
)

windows10ですが、試してみたら次のようになりました。

C:\Users\koji>dir 1_*.*
 ドライブ C のボリューム ラベルは Windows です
 ボリューム シリアル番号は A262-3265 です

 C:\Users\koji のディレクトリ

2017/11/30  12:53                21 1_test.txt
               1 個のファイル                  21 バイト
               0 個のディレクトリ  104,084,148,224 バイトの空き領域

C:\Users\koji>set i="1"

C:\Users\koji>dir %i%_*.*
 ドライブ C のボリューム ラベルは Windows です
 ボリューム シリアル番号は A262-3265 です

 C:\Users\koji のディレクトリ

2017/11/30  12:53                21 1_test.txt
               1 個のファイル                  21 バイト
               0 個のディレクトリ  104,082,620,416 バイトの空き領域

C:\Users\koji>

ttyp03さんの指摘が正しいと思います。
「変更してみたところ効果は得られず」ということなら、その変更の方法に間違いがあるのでしょう。実際にどのようなコマンドを試したのか示していただくのがいいと思います。