実現したいこと
Rstudioのcld関数を用いて、tukeyHSD検定で得られた有意差に降順でアルファベットをつけたいです。
ご教示をお願い致します。
前提
Rstudioのcld関数を用いて、有意なグループにアルファベットをつけようとすると、アルファベットの順序が狂ってしまいます(降順でも昇順でもありません)。
私は植物を研究で扱っております。
特定の時期において、供試した4品種の茎の数に有意差があります。
該当のソースコード
R
1library(multcomp) 2#変数df2に最高分げつ期のデータを指定 3df2= df1[df1$stage =="maximum_tillering",] 4df2 5#1元配置の分散分析 6SG_res1 = anova(lm(df2$tiller.numnber ~ df2$cultivar)) 7summary(SG_res1) 8#tukey検定 9#データの整理をして、分散分析の結果をtuk1に入れる 10tuk1 = data.frame(x= factor(df2$cultivar),y= df2$tiller.numnber) 11TukeyHSD(aov(y ~ x,data = tuk1)) 12#本来では品種の名前が入っていますが、今回は伏せています 13tuk1$x = factor(tuk1$x,levels = c("a","b", 14 "c", "d")) 15 16#アルファベットを表示 17tuk2=aov(y ~ x,data = tuk1) 18SG_res2 = glht(tuk2,linfct=mcp(x="Tukey")) 19summary(SG_res2) 20cld(SG_res2,decreasing = T)
試したこと
ラボ内の人から、Rのバージョンを下げるとアルファベットの順序が揃うらしいので、やってみましたがダメでした。
宜しくお願いします。
補足情報(FW/ツールのバージョンなど)
R4.3.1 (R4.2.2でも無理でした)
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