Rstudioのcld関数を用いて、tukeyHSD検定で得られた有意差に降順でアルファベットをつけたいです。

Question

実現したいこと

Rstudioのcld関数を用いて、tukeyHSD検定で得られた有意差に降順でアルファベットをつけたいです。
ご教示をお願い致します。

前提

Rstudioのcld関数を用いて、有意なグループにアルファベットをつけようとすると、アルファベットの順序が狂ってしまいます（降順でも昇順でもありません）。
私は植物を研究で扱っております。
特定の時期において、供試した４品種の茎の数に有意差があります。

該当のソースコード

library(multcomp)
#変数df2に最高分げつ期のデータを指定
df2= df1[df1$stage =="maximum_tillering",]
df2
#1元配置の分散分析
SG_res1 = anova(lm(df2$tiller.numnber ~ df2$cultivar))
summary(SG_res1)
#tukey検定
#データの整理をして、分散分析の結果をtuk1に入れる
tuk1 = data.frame(x= factor(df2$cultivar),y= df2$tiller.numnber)
TukeyHSD(aov(y ~ x,data = tuk1))
#本来では品種の名前が入っていますが、今回は伏せています
tuk1$x = factor(tuk1$x,levels = c("a","b",
                                 "c", "d"))

#アルファベットを表示
tuk2=aov(y ~ x,data = tuk1)
SG_res2 = glht(tuk2,linfct=mcp(x="Tukey"))
summary(SG_res2)
cld(SG_res2,decreasing = T)

試したこと

ラボ内の人から、Rのバージョンを下げるとアルファベットの順序が揃うらしいので、やってみましたがダメでした。
宜しくお願いします。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

R4.3.1 （R4.2.2でも無理でした）

Answer 1

例えば、４品種の名前がa,b,c,dで、分げつ数が多い順にd,a,b,cだとします。

同様の大小関係となるように値を設定（mango > apple > peach > melon）し多重比較してみましたが，私の環境「macOS(M1) 13.6.1, R 4.3.2, multcomp 1.4.25」でも同様の結果です（下記の記述例参照）。

multcomp のマニュアル の cld の部分に目を通しましたが値の大小関係と連動してアルファベットを設定する機能は読み取れませんでした。現在その機能には対応していないのかもしれません。

なお，下記の記述例の最後に記載のように値の大小関係に合わせて x のレベルを設定し多重比較すれば値の大小関係とアルファベットを対応させることはできるようです

library(multcomp, quietly=TRUE)

set.seed(7)
N <- 10
tuk1 <- data.frame(
    x = factor(rep(c("apple", "peach", "melon", "mango"), rep(N, 4))),
    y = c(as.integer(rnorm(N, 25, 2.5)), as.integer(rnorm(N, 20, 2.5)),
          as.integer(rnorm(N, 15, 2.5)), as.integer(rnorm(N, 30, 2.5))))

tuk1$x <- factor(tuk1$x, levels = c("apple", "peach", "melon", "mango"))
tuk2 <- aov(y ~ x, data = tuk1)
SG_res2 <- glht(tuk2, linfct = mcp(x="Tukey"))
summary(SG_res2)
## 
##   Simultaneous Tests for General Linear Hypotheses
## 
## Multiple Comparisons of Means: Tukey Contrasts
## 
## 
## Fit: aov(formula = y ~ x, data = tuk1)
## 
## Linear Hypotheses:
##                    Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
## peach - apple == 0   -3.400      1.148  -2.962   0.0263 *  
## melon - apple == 0   -9.400      1.148  -8.189   <0.001 ***
## mango - apple == 0    4.400      1.148   3.833   0.0026 ** 
## melon - peach == 0   -6.000      1.148  -5.227   <0.001 ***
## mango - peach == 0    7.800      1.148   6.795   <0.001 ***
## mango - melon == 0   13.800      1.148  12.021   <0.001 ***
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## (Adjusted p values reported -- single-step method)
cld(SG_res2, decreasing=TRUE)
## apple peach melon mango 
##   "d"   "c"   "b"   "a"

tuk1$x <- factor(tuk1$x, levels = c("mango", "apple", "peach", "melon"))
tuk2 <- aov(y ~ x, data = tuk1)
SG_res2 <- glht(tuk2, linfct = mcp(x="Tukey"))
cld(SG_res2, decreasing=TRUE)
## mango apple peach melon 
##   "d"   "c"   "b"   "a"

Comments

[galileo_toshi]

丁寧なご回答ありがとうございます。
やはり、値の大小と連動してアルファベットは設定してもらえないのですね。
ご説明の通りにデータフレームの品種の序列を、降順に並び変えることによって対応しました。

#変数df2に特定時期のデータを指定
df2= df1[df1$stage =="tillering",]
df2

#tukeyHSD検定
#データの整理をして、分散分析の結果をtuk1に入れる
tuk1 = data.frame(x= factor(df2$cultivar),y= df2$tiller.numnber)
TukeyHSD(aov(y ~ x,data = tuk1))

tuk1.g = tuk1 %>%
#品種ごとにグループ分け
group_by(x) %>%
#品種ごとの平均値を計算
summarize(y = mean(y)) %>%
#品種ごとの平均値が大きい順に序列を変更
arrange(desc(y))

#平均値が高い順にベクトルを作成
order_vector = as.character(tuk1.g$x) %>% as.vector()

#元のデータフレームの序列を、平均値が高い順に変更
tuk1$x = factor(tuk1$x,
levels = order_vector)

#アルファベットを表示
tuk2=aov(y ~ x,data = tuk1)
SG_res2 = glht(tuk2,linfct=mcp(x="Tukey"))
summary(SG_res2)
cld(SG_res2)

ggplot(data = tuk1, aes(x = x, y = y)) +
geom_boxplot() +
theme(plot.margin = unit(c(0.5, 0.5, 0.5, 0.5),"cm"))