rails db:create時にGLIBC_2.29もしくはnokogiriが不足？しているエラー

Question

環境

ホストOS：Big Sur（M1 mac）
コンテナ内OS　Debian 10.5
Docker
rails 6.0.4.7
ruby 2.7.1

困っていること

表題の通りrails db:create時にGLIBC_2.29もしくはnokogiriが不足？しているエラーが発生しています。
エラーは以下の通りです。
調べたところM1搭載のmacではよくある事象らしくいくつか当てはまるような記事もありましたが、
その方法では解決に至っていません。

XXXXX xxx$ docker-compose run web rails db:create 
Creating network "portfolio_20220406_default" with the default driver
Creating portfolio_20220406_db_1 ... done
Creating portfolio_20220406_web_run ... done

ERROR: It looks like you're trying to use Nokogiri as a precompiled native gem on a system with glibc < 2.17:

  /lib/aarch64-linux-gnu/libm.so.6: version `GLIBC_2.29' not found (required by /usr/local/bundle/gems/nokogiri-1.13.3-aarch64-linux/lib/nokogiri/2.7/nokogiri.so) - /usr/local/bundle/gems/nokogiri-1.13.3-aarch64-linux/lib/nokogiri/2.7/nokogiri.so

  If that's the case, then please install Nokogiri via the `ruby` platform gem:
      gem install nokogiri --platform=ruby
  or:
      bundle config set force_ruby_platform true

  Please visit https://nokogiri.org/tutorials/installing_nokogiri.html for more help.

rails aborted!
LoadError: /lib/aarch64-linux-gnu/libm.so.6: version `GLIBC_2.29' not found (required by /usr/local/bundle/gems/nokogiri-1.13.3-aarch64-linux/lib/nokogiri/2.7/nokogiri.so) - /usr/local/bundle/gems/nokogiri-1.13.3-aarch64-linux/lib/nokogiri/2.7/nokogiri.so
/usr/local/bundle/gems/nokogiri-1.13.3-aarch64-linux/lib/nokogiri/extension.rb:7:in `require_relative'
/usr/local/bundle/gems/nokogiri-1.13.3-aarch64-linux/lib/nokogiri/extension.rb:7:in `<main>'
/usr/local/bundle/gems/nokogiri-1.13.3-aarch64-linux/lib/nokogiri.rb:10:in `require_relative
----省略----
/usr/local/bundle/gems/bootsnap-1.11.1/lib/bootsnap/load_path_cache/core_ext/kernel_require.rb:30:in `require'
/usr/local/bundle/gems/bootsnap-1.11.1/lib/bootsnap/load_path_cache/core_ext/kernel_require.rb:30:in `require'
bin/rails:9:in `<main>'
(See full trace by running task with --trace)
ERROR: 1

確認したこと

以下エラーメッセージにあったコマンドについてはDockerfileのbundle installの直前に組み込んでみました。
ビルドは通りbundle installまで問題なく完了しました。しかし再度db:createしても同じエラーが発生します。

RUN bundle config set force_ruby_platform true
もしくは
RUN gem install nokogiri --platform=ruby

GLIBCのバージョン確認

$ docker-compose run web ldd --version
Creating portfolio_20220406_web_run ... done
ldd (Debian GLIBC 2.28-10) 2.28
Copyright (C) 2018 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
Written by Roland McGrath and Ulrich Drepper

nokogiriのバージョン確認

$ docker-compose run web gem list | grep noko
Creating portfolio_20220406_web_run ... done
nokogiri (1.13.3 aarch64-linux)

Docker関連ファイル

FROM ruby:2.7.1

RUN apt-get update -qq && \
    apt-get install -y build-essential \ 
                       libpq-dev \        
                       nodejs \
   && rm -rf /var/lib/apt/lists/* 

RUN mkdir /app
ENV APP_ROOT /app
WORKDIR $APP_ROOT

ADD ./Gemfile $APP_ROOT/Gemfile
ADD ./Gemfile.lock $APP_ROOT/Gemfile.lock

RUN bundle install

version: '3'

services:
  web:
    build: ./api
    command: bundle exec rails s -p 3000 -b '0.0.0.0'
    ports:
      - '3000:3000'
    depends_on:
      - db
    volumes:
      - ./api:/app
      - bundle:/usr/local/bundle
    tty: true
    stdin_open: true
  db:
    platform: linux/x86_64 # M1チップ対応のため追記
    image: mysql:5.7
    volumes:
      - mysql_data:/var/lib/mysql/
    environment:
      MYSQL_ROOT_PASSWORD: password
    ports:
      - '3306:3306'
  front:
    build: ./front
    volumes:
      - ./front:/app
    ports:
      - '8080:8080'
    tty: true
    stdin_open: true
    command: npm run serve

volumes:
  mysql_data:
  bundle:

※front部分のDockerfileを読み込むところまで行っていないのであえて記載しません。

Gemfile関連のファイル

source 'https://rubygems.org'
git_source(:github) { |repo| "https://github.com/#{repo}.git" }

ruby '2.7.1'

# Bundle edge Rails instead: gem 'rails', github: 'rails/rails', branch: 'main'
gem 'rails', '~> 6.0.4', '>= 6.0.4.7'
# Use mysql as the database for Active Record
gem 'mysql2', '>= 0.4.4'
# Use Puma as the app server
gem 'puma', '~> 4.1'
# Build JSON APIs with ease. Read more: https://github.com/rails/jbuilder
# gem 'jbuilder', '~> 2.7'
# Use Redis adapter to run Action Cable in production
# gem 'redis', '~> 4.0'
# Use Active Model has_secure_password
# gem 'bcrypt', '~> 3.1.7'

# Use Active Storage variant
# gem 'image_processing', '~> 1.2'

# Reduces boot times through caching; required in config/boot.rb
gem 'bootsnap', '>= 1.4.2', require: false

# Use Rack CORS for handling Cross-Origin Resource Sharing (CORS), making cross-origin AJAX possible
gem 'rack-cors'

group :development, :test do
  # Call 'byebug' anywhere in the code to stop execution and get a debugger console
  gem 'byebug', platforms: [:mri, :mingw, :x64_mingw]
end

group :development do
  gem 'listen', '~> 3.2'
  # Spring speeds up development by keeping your application running in the background. Read more: https://github.com/rails/spring
  gem 'spring'
  gem 'spring-watcher-listen', '~> 2.0.0'
end

# Windows does not include zoneinfo files, so bundle the tzinfo-data gem
gem 'tzinfo-data', platforms: [:mingw, :mswin, :x64_mingw, :jruby]

GEM
  remote: https://rubygems.org/
  specs:
    actioncable (6.0.4.7)
      actionpack (= 6.0.4.7)
      nio4r (~> 2.0)
      websocket-driver (>= 0.6.1)
    actionmailbox (6.0.4.7)
      actionpack (= 6.0.4.7)
      activejob (= 6.0.4.7)
      activerecord (= 6.0.4.7)
      activestorage (= 6.0.4.7)
      activesupport (= 6.0.4.7)
      mail (>= 2.7.1)
    actionmailer (6.0.4.7)
      actionpack (= 6.0.4.7)
      actionview (= 6.0.4.7)
      activejob (= 6.0.4.7)
      mail (~> 2.5, >= 2.5.4)
      rails-dom-testing (~> 2.0)
    actionpack (6.0.4.7)
      actionview (= 6.0.4.7)
      activesupport (= 6.0.4.7)
      rack (~> 2.0, >= 2.0.8)
      rack-test (>= 0.6.3)
      rails-dom-testing (~> 2.0)
      rails-html-sanitizer (~> 1.0, >= 1.2.0)
    actiontext (6.0.4.7)
      actionpack (= 6.0.4.7)
      activerecord (= 6.0.4.7)
      activestorage (= 6.0.4.7)
      activesupport (= 6.0.4.7)
      nokogiri (>= 1.8.5)
    actionview (6.0.4.7)
      activesupport (= 6.0.4.7)
      builder (~> 3.1)
      erubi (~> 1.4)
      rails-dom-testing (~> 2.0)
      rails-html-sanitizer (~> 1.1, >= 1.2.0)
    activejob (6.0.4.7)
      activesupport (= 6.0.4.7)
      globalid (>= 0.3.6)
    activemodel (6.0.4.7)
      activesupport (= 6.0.4.7)
    activerecord (6.0.4.7)
      activemodel (= 6.0.4.7)
      activesupport (= 6.0.4.7)
    activestorage (6.0.4.7)
      actionpack (= 6.0.4.7)
      activejob (= 6.0.4.7)
      activerecord (= 6.0.4.7)
      marcel (~> 1.0.0)
    activesupport (6.0.4.7)
      concurrent-ruby (~> 1.0, >= 1.0.2)
      i18n (>= 0.7, < 2)
      minitest (~> 5.1)
      tzinfo (~> 1.1)
      zeitwerk (~> 2.2, >= 2.2.2)
    bootsnap (1.11.1)
      msgpack (~> 1.2)
    builder (3.2.4)
    byebug (11.1.3)
    concurrent-ruby (1.1.10)
    crass (1.0.6)
    erubi (1.10.0)
    ffi (1.15.5)
    globalid (1.0.0)
      activesupport (>= 5.0)
    i18n (1.10.0)
      concurrent-ruby (~> 1.0)
    listen (3.7.1)
      rb-fsevent (~> 0.10, >= 0.10.3)
      rb-inotify (~> 0.9, >= 0.9.10)
    loofah (2.16.0)
      crass (~> 1.0.2)
      nokogiri (>= 1.5.9)
    mail (2.7.1)
      mini_mime (>= 0.1.1)
    marcel (1.0.2)
    method_source (1.0.0)
    mini_mime (1.1.2)
    mini_portile2 (2.8.0)
    minitest (5.15.0)
    msgpack (1.5.0)
    mysql2 (0.5.3)
    nio4r (2.5.8)
    nokogiri (1.13.3)
      mini_portile2 (~> 2.8.0)
      racc (~> 1.4)
    puma (4.3.12)
      nio4r (~> 2.0)
    racc (1.6.0)
    rack (2.2.3)
    rack-cors (1.1.1)
      rack (>= 2.0.0)
    rack-test (1.1.0)
      rack (>= 1.0, < 3)
    rails (6.0.4.7)
      actioncable (= 6.0.4.7)
      actionmailbox (= 6.0.4.7)
      actionmailer (= 6.0.4.7)
      actionpack (= 6.0.4.7)
      actiontext (= 6.0.4.7)
      actionview (= 6.0.4.7)
      activejob (= 6.0.4.7)
      activemodel (= 6.0.4.7)
      activerecord (= 6.0.4.7)
      activestorage (= 6.0.4.7)
      activesupport (= 6.0.4.7)
      bundler (>= 1.3.0)
      railties (= 6.0.4.7)
      sprockets-rails (>= 2.0.0)
    rails-dom-testing (2.0.3)
      activesupport (>= 4.2.0)
      nokogiri (>= 1.6)
    rails-html-sanitizer (1.4.2)
      loofah (~> 2.3)
    railties (6.0.4.7)
      actionpack (= 6.0.4.7)
      activesupport (= 6.0.4.7)
      method_source
      rake (>= 0.8.7)
      thor (>= 0.20.3, < 2.0)
    rake (13.0.6)
    rb-fsevent (0.11.1)
    rb-inotify (0.10.1)
      ffi (~> 1.0)
    spring (2.1.1)
    spring-watcher-listen (2.0.1)
      listen (>= 2.7, < 4.0)
      spring (>= 1.2, < 3.0)
    sprockets (4.0.3)
      concurrent-ruby (~> 1.0)
      rack (> 1, < 3)
    sprockets-rails (3.4.2)
      actionpack (>= 5.2)
      activesupport (>= 5.2)
      sprockets (>= 3.0.0)
    thor (1.2.1)
    thread_safe (0.3.6)
    tzinfo (1.2.9)
      thread_safe (~> 0.1)
    websocket-driver (0.7.5)
      websocket-extensions (>= 0.1.0)
    websocket-extensions (0.1.5)
    zeitwerk (2.5.4)

PLATFORMS
  ruby

DEPENDENCIES
  bootsnap (>= 1.4.2)
  byebug
  listen (~> 3.2)
  mysql2 (>= 0.4.4)
  puma (~> 4.1)
  rack-cors
  rails (~> 6.0.4, >= 6.0.4.7)
  spring
  spring-watcher-listen (~> 2.0.0)
  tzinfo-data

RUBY VERSION
   ruby 2.7.1p83

BUNDLED WITH
   2.1.4

教えて頂きたいこと

自分としてはGLIBCについてエラーで不足しているのは2.29、実際に入っているのは2.28という点が怪しいかなとバージョンアップなどの対応を試しているところです。
上記のようにまだ模索中ではあるのですが、かなり時間がかかっており並行して他の解決策についてご教示いただけると幸いです。

すでに参考にしているリンク

https://abillyz.com/watanabe/studies/244
https://nokogiri.org/tutorials/installing_nokogiri.html#supported-platforms
https://teratail.com/questions/hu67fbfeiwvi8r

Answer 1

根本的な原因は分かっていないが、
Docker DesktopをアンインストールしてDocker Desktop for Apple siliconを再インストールした。
その後同じ手順を踏んで構築した際にも同じエラーがでたが、エラーメッセージの解決方法で事象を解消することができた。
恐らくはM1の前に使っていたMacから移行したバージョンのDocker DesktopがApple silicon対応していなかったことが原因だと思われる。