rails db:create時にGLIBC_2.29もしくはnokogiriが不足？しているエラー

環境

ホストOS：Big Sur（M1 mac）
コンテナ内OS　Debian 10.5
Docker
rails 6.0.4.7
ruby 2.7.1

困っていること

表題の通りrails db:create時にGLIBC_2.29もしくはnokogiriが不足？しているエラーが発生しています。
エラーは以下の通りです。
調べたところM1搭載のmacではよくある事象らしくいくつか当てはまるような記事もありましたが、
その方法では解決に至っていません。

XXXXX xxx$ docker-compose run web rails db:create 
Creating network "portfolio_20220406_default" with the default driver
Creating portfolio_20220406_db_1 ... done
Creating portfolio_20220406_web_run ... done

ERROR: It looks like you're trying to use Nokogiri as a precompiled native gem on a system with glibc < 2.17:

  /lib/aarch64-linux-gnu/libm.so.6: version `GLIBC_2.29' not found (required by /usr/local/bundle/gems/nokogiri-1.13.3-aarch64-linux/lib/nokogiri/2.7/nokogiri.so) - /usr/local/bundle/gems/nokogiri-1.13.3-aarch64-linux/lib/nokogiri/2.7/nokogiri.so

  If that's the case, then please install Nokogiri via the `ruby` platform gem:
      gem install nokogiri --platform=ruby
  or:
      bundle config set force_ruby_platform true

  Please visit https://nokogiri.org/tutorials/installing_nokogiri.html for more help.

rails aborted!
LoadError: /lib/aarch64-linux-gnu/libm.so.6: version `GLIBC_2.29' not found (required by /usr/local/bundle/gems/nokogiri-1.13.3-aarch64-linux/lib/nokogiri/2.7/nokogiri.so) - /usr/local/bundle/gems/nokogiri-1.13.3-aarch64-linux/lib/nokogiri/2.7/nokogiri.so
/usr/local/bundle/gems/nokogiri-1.13.3-aarch64-linux/lib/nokogiri/extension.rb:7:in `require_relative'
/usr/local/bundle/gems/nokogiri-1.13.3-aarch64-linux/lib/nokogiri/extension.rb:7:in `<main>'
/usr/local/bundle/gems/nokogiri-1.13.3-aarch64-linux/lib/nokogiri.rb:10:in `require_relative
----省略----
/usr/local/bundle/gems/bootsnap-1.11.1/lib/bootsnap/load_path_cache/core_ext/kernel_require.rb:30:in `require'
/usr/local/bundle/gems/bootsnap-1.11.1/lib/bootsnap/load_path_cache/core_ext/kernel_require.rb:30:in `require'
bin/rails:9:in `<main>'
(See full trace by running task with --trace)
ERROR: 1

確認したこと

以下エラーメッセージにあったコマンドについてはDockerfileのbundle installの直前に組み込んでみました。
ビルドは通りbundle installまで問題なく完了しました。しかし再度db:createしても同じエラーが発生します。

RUN bundle config set force_ruby_platform true
もしくは
RUN gem install nokogiri --platform=ruby

GLIBCのバージョン確認

$ docker-compose run web ldd --version
Creating portfolio_20220406_web_run ... done
ldd (Debian GLIBC 2.28-10) 2.28
Copyright (C) 2018 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
Written by Roland McGrath and Ulrich Drepper

nokogiriのバージョン確認

$ docker-compose run web gem list | grep noko
Creating portfolio_20220406_web_run ... done
nokogiri (1.13.3 aarch64-linux)

Docker関連ファイル

Dockerfile
1FROM ruby:2.7.1
2
3RUN apt-get update -qq && \
4    apt-get install -y build-essential \ 
5                       libpq-dev \        
6                       nodejs \
7   && rm -rf /var/lib/apt/lists/* 
8
9RUN mkdir /app
10ENV APP_ROOT /app
11WORKDIR $APP_ROOT
12
13ADD ./Gemfile $APP_ROOT/Gemfile
14ADD ./Gemfile.lock $APP_ROOT/Gemfile.lock
15
16RUN bundle install
17

docker
1version: '3'
2
3services:
4  web:
5    build: ./api
6    command: bundle exec rails s -p 3000 -b '0.0.0.0'
7    ports:
8      - '3000:3000'
9    depends_on:
10      - db
11    volumes:
12      - ./api:/app
13      - bundle:/usr/local/bundle
14    tty: true
15    stdin_open: true
16  db:
17    platform: linux/x86_64 # M1チップ対応のため追記
18    image: mysql:5.7
19    volumes:
20      - mysql_data:/var/lib/mysql/
21    environment:
22      MYSQL_ROOT_PASSWORD: password
23    ports:
24      - '3306:3306'
25  front:
26    build: ./front
27    volumes:
28      - ./front:/app
29    ports:
30      - '8080:8080'
31    tty: true
32    stdin_open: true
33    command: npm run serve
34
35volumes:
36  mysql_data:
37  bundle:
38

※front部分のDockerfileを読み込むところまで行っていないのであえて記載しません。

Gemfile関連のファイル

GemfileGemfile
1source 'https://rubygems.org'
2git_source(:github) { |repo| "https://github.com/#{repo}.git" }
3
4ruby '2.7.1'
5
6# Bundle edge Rails instead: gem 'rails', github: 'rails/rails', branch: 'main'
7gem 'rails', '~> 6.0.4', '>= 6.0.4.7'
8# Use mysql as the database for Active Record
9gem 'mysql2', '>= 0.4.4'
10# Use Puma as the app server
11gem 'puma', '~> 4.1'
12# Build JSON APIs with ease. Read more: https://github.com/rails/jbuilder
13# gem 'jbuilder', '~> 2.7'
14# Use Redis adapter to run Action Cable in production
15# gem 'redis', '~> 4.0'
16# Use Active Model has_secure_password
17# gem 'bcrypt', '~> 3.1.7'
18
19# Use Active Storage variant
20# gem 'image_processing', '~> 1.2'
21
22# Reduces boot times through caching; required in config/boot.rb
23gem 'bootsnap', '>= 1.4.2', require: false
24
25# Use Rack CORS for handling Cross-Origin Resource Sharing (CORS), making cross-origin AJAX possible
26gem 'rack-cors'
27
28group :development, :test do
29  # Call 'byebug' anywhere in the code to stop execution and get a debugger console
30  gem 'byebug', platforms: [:mri, :mingw, :x64_mingw]
31end
32
33group :development do
34  gem 'listen', '~> 3.2'
35  # Spring speeds up development by keeping your application running in the background. Read more: https://github.com/rails/spring
36  gem 'spring'
37  gem 'spring-watcher-listen', '~> 2.0.0'
38end
39
40# Windows does not include zoneinfo files, so bundle the tzinfo-data gem
41gem 'tzinfo-data', platforms: [:mingw, :mswin, :x64_mingw, :jruby]
42

Gemfile.lock
1GEM
2  remote: https://rubygems.org/
3  specs:
4    actioncable (6.0.4.7)
5      actionpack (= 6.0.4.7)
6      nio4r (~> 2.0)
7      websocket-driver (>= 0.6.1)
8    actionmailbox (6.0.4.7)
9      actionpack (= 6.0.4.7)
10      activejob (= 6.0.4.7)
11      activerecord (= 6.0.4.7)
12      activestorage (= 6.0.4.7)
13      activesupport (= 6.0.4.7)
14      mail (>= 2.7.1)
15    actionmailer (6.0.4.7)
16      actionpack (= 6.0.4.7)
17      actionview (= 6.0.4.7)
18      activejob (= 6.0.4.7)
19      mail (~> 2.5, >= 2.5.4)
20      rails-dom-testing (~> 2.0)
21    actionpack (6.0.4.7)
22      actionview (= 6.0.4.7)
23      activesupport (= 6.0.4.7)
24      rack (~> 2.0, >= 2.0.8)
25      rack-test (>= 0.6.3)
26      rails-dom-testing (~> 2.0)
27      rails-html-sanitizer (~> 1.0, >= 1.2.0)
28    actiontext (6.0.4.7)
29      actionpack (= 6.0.4.7)
30      activerecord (= 6.0.4.7)
31      activestorage (= 6.0.4.7)
32      activesupport (= 6.0.4.7)
33      nokogiri (>= 1.8.5)
34    actionview (6.0.4.7)
35      activesupport (= 6.0.4.7)
36      builder (~> 3.1)
37      erubi (~> 1.4)
38      rails-dom-testing (~> 2.0)
39      rails-html-sanitizer (~> 1.1, >= 1.2.0)
40    activejob (6.0.4.7)
41      activesupport (= 6.0.4.7)
42      globalid (>= 0.3.6)
43    activemodel (6.0.4.7)
44      activesupport (= 6.0.4.7)
45    activerecord (6.0.4.7)
46      activemodel (= 6.0.4.7)
47      activesupport (= 6.0.4.7)
48    activestorage (6.0.4.7)
49      actionpack (= 6.0.4.7)
50      activejob (= 6.0.4.7)
51      activerecord (= 6.0.4.7)
52      marcel (~> 1.0.0)
53    activesupport (6.0.4.7)
54      concurrent-ruby (~> 1.0, >= 1.0.2)
55      i18n (>= 0.7, < 2)
56      minitest (~> 5.1)
57      tzinfo (~> 1.1)
58      zeitwerk (~> 2.2, >= 2.2.2)
59    bootsnap (1.11.1)
60      msgpack (~> 1.2)
61    builder (3.2.4)
62    byebug (11.1.3)
63    concurrent-ruby (1.1.10)
64    crass (1.0.6)
65    erubi (1.10.0)
66    ffi (1.15.5)
67    globalid (1.0.0)
68      activesupport (>= 5.0)
69    i18n (1.10.0)
70      concurrent-ruby (~> 1.0)
71    listen (3.7.1)
72      rb-fsevent (~> 0.10, >= 0.10.3)
73      rb-inotify (~> 0.9, >= 0.9.10)
74    loofah (2.16.0)
75      crass (~> 1.0.2)
76      nokogiri (>= 1.5.9)
77    mail (2.7.1)
78      mini_mime (>= 0.1.1)
79    marcel (1.0.2)
80    method_source (1.0.0)
81    mini_mime (1.1.2)
82    mini_portile2 (2.8.0)
83    minitest (5.15.0)
84    msgpack (1.5.0)
85    mysql2 (0.5.3)
86    nio4r (2.5.8)
87    nokogiri (1.13.3)
88      mini_portile2 (~> 2.8.0)
89      racc (~> 1.4)
90    puma (4.3.12)
91      nio4r (~> 2.0)
92    racc (1.6.0)
93    rack (2.2.3)
94    rack-cors (1.1.1)
95      rack (>= 2.0.0)
96    rack-test (1.1.0)
97      rack (>= 1.0, < 3)
98    rails (6.0.4.7)
99      actioncable (= 6.0.4.7)
100      actionmailbox (= 6.0.4.7)
101      actionmailer (= 6.0.4.7)
102      actionpack (= 6.0.4.7)
103      actiontext (= 6.0.4.7)
104      actionview (= 6.0.4.7)
105      activejob (= 6.0.4.7)
106      activemodel (= 6.0.4.7)
107      activerecord (= 6.0.4.7)
108      activestorage (= 6.0.4.7)
109      activesupport (= 6.0.4.7)
110      bundler (>= 1.3.0)
111      railties (= 6.0.4.7)
112      sprockets-rails (>= 2.0.0)
113    rails-dom-testing (2.0.3)
114      activesupport (>= 4.2.0)
115      nokogiri (>= 1.6)
116    rails-html-sanitizer (1.4.2)
117      loofah (~> 2.3)
118    railties (6.0.4.7)
119      actionpack (= 6.0.4.7)
120      activesupport (= 6.0.4.7)
121      method_source
122      rake (>= 0.8.7)
123      thor (>= 0.20.3, < 2.0)
124    rake (13.0.6)
125    rb-fsevent (0.11.1)
126    rb-inotify (0.10.1)
127      ffi (~> 1.0)
128    spring (2.1.1)
129    spring-watcher-listen (2.0.1)
130      listen (>= 2.7, < 4.0)
131      spring (>= 1.2, < 3.0)
132    sprockets (4.0.3)
133      concurrent-ruby (~> 1.0)
134      rack (> 1, < 3)
135    sprockets-rails (3.4.2)
136      actionpack (>= 5.2)
137      activesupport (>= 5.2)
138      sprockets (>= 3.0.0)
139    thor (1.2.1)
140    thread_safe (0.3.6)
141    tzinfo (1.2.9)
142      thread_safe (~> 0.1)
143    websocket-driver (0.7.5)
144      websocket-extensions (>= 0.1.0)
145    websocket-extensions (0.1.5)
146    zeitwerk (2.5.4)
147
148PLATFORMS
149  ruby
150
151DEPENDENCIES
152  bootsnap (>= 1.4.2)
153  byebug
154  listen (~> 3.2)
155  mysql2 (>= 0.4.4)
156  puma (~> 4.1)
157  rack-cors
158  rails (~> 6.0.4, >= 6.0.4.7)
159  spring
160  spring-watcher-listen (~> 2.0.0)
161  tzinfo-data
162
163RUBY VERSION
164   ruby 2.7.1p83
165
166BUNDLED WITH
167   2.1.4
168

教えて頂きたいこと

自分としてはGLIBCについてエラーで不足しているのは2.29、実際に入っているのは2.28という点が怪しいかなとバージョンアップなどの対応を試しているところです。
上記のようにまだ模索中ではあるのですが、かなり時間がかかっており並行して他の解決策についてご教示いただけると幸いです。

すでに参考にしているリンク

https://abillyz.com/watanabe/studies/244
https://nokogiri.org/tutorials/installing_nokogiri.html#supported-platforms
https://teratail.com/questions/hu67fbfeiwvi8r

2022/04/07 01:52依頼された後にこの質問は修正されています

こちらの質問が他のユーザーから「やってほしいことだけを記載した丸投げの質問」という指摘を受けました。

回答1件

自己解決

根本的な原因は分かっていないが、
Docker DesktopをアンインストールしてDocker Desktop for Apple siliconを再インストールした。
その後同じ手順を踏んで構築した際にも同じエラーがでたが、エラーメッセージの解決方法で事象を解消することができた。
恐らくはM1の前に使っていたMacから移行したバージョンのDocker DesktopがApple silicon対応していなかったことが原因だと思われる。

投稿2022/04/07 13:40

iyore888

総合スコア40