繰り返しデータ：条件付きでNAを埋めたい

実現したいこと

data <- data.frame(id = c(rep(1, 5), rep(2, 5), rep(2, 5)),
phase = c(rep(1:5,3)),
tyra = c(c("A", "A", "A", NA, NA),
c("無治療", NA, NA, "A", "A"),
c("無治療", NA, "A", NA, NA)))

上記のデータから以下のデータを作成してほしいです。

data <- data.frame(id = c(rep(1, 5), rep(2, 5), rep(2, 5)),
phase = c(rep(1:5,3)),
tyra = c(c("A", "A", "A", "中断", "無治療"),
c("無治療", "無治療", "無治療", "A", "A"),
c("無治療", "無治療", "A", "中断", "無治療")))

前提

tyraは"無治療", "中断", "A"の3つです。

data <- data.frame(id = c(rep(1, 5), rep(2, 5), rep(2, 5)),
phase = c(rep(1:5,3)),
tyra = c(c("A", "A", "A", NA, NA),
c("無治療", NA, NA, "A", "A"),
c("無治療", NA, "A", NA, NA)))

idが1の人は、phaseが1-3に関しては、"A"(typaの変数)が用いられたが、phase4からはNA(typaの変数)になっています。
そのため、phase4のtypaには、"A”が終了したことを意味する"中断"のフラグを立ててほしいです。
phase4のtypaの変数に”中断”のフラグを立てた後は、phase5では"無治療"のフラグを立ててほしいです。
（前のphaseが"中断"であれば、次のphaseは"無治療"にしたいです。）

idが2の人は、phase1のtypaが"無治療"でphase2-3はNAになっています。
そのため、phase2-3のtypaには"無治療"のフラグを立ててほしいです。

idが3の人は、idが2の人と同様に、phase2のtypaには"無治療"のフラグを立ててほしいです。
また、phase4-5のtypaはNAになっていますが、phase3のtypaは"A"を用いているため、
phase4のtypaには"中断", phase5のtypaには"無治療"のフラグを立ててほしいです。

非常に複雑で難しいですが、Rのコードをご教示頂けますと幸いです。
なお、idは複数人存在します。

meg_

2024/02/18 10:48

> 非常に複雑で難しいですが、Rのコードをご教示頂けますと幸いです。何かの課題でしょうか？

iii0

2024/02/18 10:51

meg_様ご連絡ありがとうございます。課題ではございません。個人的な研究として解析をやっております。

meg_

2024/02/18 11:49 編集

> 個人的な研究として解析をやっております。そうでしたか。「～してほしい」という表現を多用されていたため課題等のコード作成依頼をされているのかと勘違いしてしまいました。失礼しました。

meg_

2024/02/18 15:13

> idが3の人は、idが2の人と同様に、phase2のtypaには"無治療"のフラグを立ててほしいです。「idが3の人」はいないようですが。

行動規範の内容に同意します

回答2件

ベストアンサー

ひとまず無治療で埋めて、lag関数を活用して、一つ前が無治療やNA以外なら中断を入れる、という処理でいけると思います

library(tidyverse)
data <- data.frame(id = c(rep(1, 5), rep(2, 5), rep(3, 5)),
                   phase = c(rep(1:5,3)),
                   tyra = c(c("A", "A", "A", NA, NA),
                            c("無治療", NA, NA, "A", "A"),
                            c("無治療", NA, "A", NA, NA)))
data %>% 
  replace_na(list(tyra = "無治療")) %>%  # とりあえず無治療で埋める
  arrange(id, phase) %>%                 # lag関数を使う前準備としてソートしておく
  group_by(id) %>% 
  mutate(lag_tyra = lag(tyra),           # 1つ前のtyraを参照できるよう、lagをとる
         tyra_res = if_else(tyra == "無治療" & !is.na(lag_tyra) & lag_tyra != "無治療", "中断", tyra)) %>% 
  ungroup()             # 前行コメ： 無治療で、一つ前がNAでも無治療でもない場合には、中断に書き換える

投稿2024/02/19 09:22

cuttlefish44

総合スコア85

iii0

2024/02/19 13:21

cuttlefish44様ご回答いただきありがとうございました。無事に解決することが出来ました。ありがとうございました。

行動規範の内容に同意します

以下は purrr::accumulate() を利用する場合です。

r
1library(tidyverse)
2
3data <- data.frame(
4  id = c(rep(1, 5), rep(2, 5), rep(3, 5)),
5  phase = c(rep(1:5,3)),
6  tyra = c(c("A", "A", "A", NA, NA),
7           c("無治療", NA, NA, "A", "A"),
8           c("無治療", NA, "A", NA, NA)))
9
10#
11next_tyra <- setNames(c("中断", "無治療", "無治療"), c("A", "中断", "無治療"))
12data2 <- data %>%
13  group_by(id) %>%
14  mutate(
15    tyra = accumulate(tyra, ~ifelse(is.na(.y), next_tyra[last(.x)], .y))
16  ) %>%
17  ungroup()
18
19data2
20
21# # A tibble: 15 × 3
22#       id phase tyra  
23#    <dbl> <int> <chr> 
24#  1     1     1 A     
25#  2     1     2 A     
26#  3     1     3 A     
27#  4     1     4 中断  
28#  5     1     5 無治療
29#  6     2     1 無治療
30#  7     2     2 無治療
31#  8     2     3 無治療
32#  9     2     4 A     
33# 10     2     5 A     
34# 11     3     1 無治療
35# 12     3     2 無治療
36# 13     3     3 A     
37# 14     3     4 中断  
38# 15     3     5 無治療