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RStudioは、Rのプログラミングを効率化する統合開発環境です。統計計算とグラフィックスができるプログラミング言語であるRのIDEでOSSで公開されています。ソースコードやコンソールなどが一つの画面に見やすく配置されている点が特徴。コマンド名以外に、関数名やパッケージ名も補完できます。

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投稿2022/04/13 01:29

BiocManagerを使用して、以下のようにインストールを試みましたが、
以下のエラーメッセージが発生しました。

行なった事:
Rstudioのコンソール画面で、
install.packages("BiocManager") でBiocManagerを入れた後に、
BiocManager::install("edgeR") を実行しました。

エラーメッセージ:
1ld: warning: directory not found for option '-L/opt/R/arm64/gfortran/lib/gcc/aarch64-apple-darwin20.2.0/11.0.0'
2ld: warning: directory not found for option '-L/opt/R/arm64/gfortran/lib'
3ld: library not found for -lgfortran
4clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
5make: *** [edgeR.so] Error 1
6ERROR: compilation failed for package ‘edgeR’
7* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1-arm64/Resources/library/edgeR’
8
9The downloaded source packages are in
10 ‘/private/var/folders/f5/97sdymz95n305bgtnphdn3zm0000gn/T/Rtmp1rFcYQ/downloaded_packages’
11 警告メッセージ:
121: .inet_warning(msg) で:
13 unable to access index for repository https://bioconductor.org/packages/3.14/bioc/bin/macosx/big-sur-arm64/contrib/4.1:
14 URL 'https://bioconductor.org/packages/3.14/bioc/bin/macosx/big-sur-arm64/contrib/4.1/PACKAGES' を開けません
152: .inet_warning(msg) で:
16 unable to access index for repository https://bioconductor.org/packages/3.14/data/annotation/bin/macosx/big-sur-arm64/contrib/4.1:
17 URL 'https://bioconductor.org/packages/3.14/data/annotation/bin/macosx/big-sur-arm64/contrib/4.1/PACKAGES' を開けません
183: .inet_warning(msg) で:
19 unable to access index for repository https://bioconductor.org/packages/3.14/data/experiment/bin/macosx/big-sur-arm64/contrib/4.1:
20 URL 'https://bioconductor.org/packages/3.14/data/experiment/bin/macosx/big-sur-arm64/contrib/4.1/PACKAGES' を開けません
214: .inet_warning(msg) で:
22 unable to access index for repository https://bioconductor.org/packages/3.14/workflows/bin/macosx/big-sur-arm64/contrib/4.1:
23 URL 'https://bioconductor.org/packages/3.14/workflows/bin/macosx/big-sur-arm64/contrib/4.1/PACKAGES' を開けません
245: .inet_warning(msg) で:
25 unable to access index for repository https://bioconductor.org/packages/3.14/books/bin/macosx/big-sur-arm64/contrib/4.1:
26 URL 'https://bioconductor.org/packages/3.14/books/bin/macosx/big-sur-arm64/contrib/4.1/PACKAGES' を開けません
276: .inet_warning(msg) で:
28 installation of package ‘edgeR’ had non-zero exit status

使用言語・ライブラリのバージョン

Rのバージョンは4.1.3
使用PCはM1 MACです。

わかる方どうぞよろしくお願い致します。

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MonTesra

2022/04/13 09:49

ありがとうございます。リンク先の高評価が7個ついたコメントに従って、 /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf の内部を FLIBS = -L/opt/R/arm64/gfortran/lib/gcc/aarch64-apple-darwin20.2.0/11.0.0 -L/opt/R/arm64/gfortran/lib -lgfortran -lemutls_w -lm から FLIBS = -L/usr/local/gfortran/lib/gcc/aarch64-apple-darwin20.2.0/11.0.0 -L/usr/local/gfortran/lib -lgfortran -lm に書き換えたところ、エラーメッセージが減って前進したようです。 しかしまだ、 ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/gfortran/lib/gcc/aarch64-apple-darwin20.2.0/11.0.0' ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/gfortran/lib' ld: library not found for -lgfortran clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation) make: *** [edgeR.so] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘edgeR’ * removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1-arm64/Resources/library/edgeR’ というエラーメッセージが残っており、 先ほどのリンク先のコメント内の以下に従えば解決するかもしれませんが、具体的にどうしたら良いかわかりません。自分でも色々試してみたいと思いますが、もしよければご助言いただけますと大変助かります。 I also made symbolic links for all library files located in /usr/local/gfortran/lib to /usr/local/lib but this step may not be necessary. > sessionInfo() R version 4.1.0 (2021-05-18) Platform: aarch64-apple-darwin20 (64-bit) Running under: macOS Big Sur 11.4 Matrix products: default LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1-arm64/Resources/lib/libRlapack.dylib Random number generation: RNG: Mersenne-Twister Normal: Inversion Sample: Rounding locale: [1] en_GB.UTF-8/en_GB.UTF-8/en_GB.UTF-8/C/en_GB.UTF-8/en_GB.UTF-8 attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] edgeR_3.34.0 limma_3.48.1 loaded via a namespace (and not attached): [1] BiocManager_1.30.16 compiler_4.1.0 tools_4.1.0 Rcpp_1.0.6 grid_4.1.0 [6] locfit_1.5-9.4 lattice_0.20-44

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