直接的な回答ではなく、内容の整理を促し、自己解決してもらうためのアドバイスとなります。
おそらく質問者は自分がやりたいことを正しく伝えられる文章が書けてないと思われます。
やりたいことが先行しすぎて、本来やるべき「基盤」「基礎」の部分や「やりたいことを正しく言語化する(設計にもつながる)」という根っこが抜けた状態。
まず、要件をハッキリすること。
幾つか考えうる候補を挙げたのでそこから「根っこ」をしっかり固めましょう。
①DBにつなぐツール(GUI)が欲しい
②JavaやPHPなどアプリケーションからDB接続して、情報を登録したり参照したり更新したり削除したりしたい
①解:先にコメントで紹介されているようにMySQL Workbenchを含めフリーのツールは幾らでもあるので、
自分で探して自分で試してシックリくるのを心行くまで選んだら良い。
eclipseでもプラグインがあるが、そのためだけにeclipseを採用するのはハイコスト。プログラミングがやはりメインとなるツール。
こればかりは「好み」にもよるし、技術力や熟練度、選択する環境(OS含め)にもよるので、
検索して出てくるツール片っ端から試していくしかない。
懸念点として、おそらく初学者は初めて手に取った本や検索して出てくる最初の記事に紹介しているものに執着する傾向があるので、「自分に合うものを探す」という本質を見失うことが多い。
ツール選定はプログラミングにおいても実生活においても絶対不可欠で、吟味すればするほど良い。
欲を言えばOS選定からしっかり時間と労力を掛けるべき。
②解:
言語やバージョン、対象のDBやそのバージョンによって接続方法や使用するライブラリなど異なるので、
個々に調べること。
バージョンは絶対(多くのケースでOSとそのバージョンも関係する)
その言語をどのOSで利用し、どのバージョンをどのようにインストールしたのかから確実にすること。
いきなりフレームワークから入るのは悪手で、何かあった時に自力でどうにもならないことばかりになり、
時間ばかりかかった割に成果は得られないので、言語の基礎、入門からすること。
大事なことなので何度も書きますが、「バージョンや環境は絶対」参照するにしても自分のバージョンや環境と合ったものにすること。
言語によってはマイナーバージョン1つ違えば全く機能が違うなんてこともあります。
それだけ日進月歩の世界ということ。
大事な余談
あまり例え話をすると本質から遠ざかるので、よろしくはないのだけど。
料理をするのだって、食材選定より先に必要なことがある。
何を作るのか?レシピの入手。
ただし、レシピや食材よりも先に料理道具が必要。
道具よりも台所や冷蔵庫、住居が必要。
住居にしたって「どこに住むか」も大事。
(もっと言えばそこに至るまでの人生設計)
全てが充足してようやく次の段階に行けるわけです。
余計なこと(いわゆる「遊び」)に手を出せる。
料理は遊びではないが代替手段はある(弁当買うとか)。
それでも、弁当を売ってる店にたどり着けないといけないし、
そのお金もきちんと持っておかないといけない。
全てが充足してようやく次の段階に行けるわけです。
①にしても②にしても、他の選択肢があったとしても、上記例えは今回も漏れなく当てはまります。
DB(今回はMySQL)が正しくインストールされていて、コマンドラインから接続が確認できていること
が大前提。
もちろんDBが起動状態にないといけない。
どこにどのように入れたDBなのかにもよるし、バージョンにもよる。
①でも②でも「そこに至るまでの間接的でも直接的でも必要な全てが充足してないと手が出せないはずです。
つまり、「何が必要なのか分かっていないと手が出せない」ということ。
現時点で足りてないことが多すぎます。
自分自身でやるべきことが分かってないということにもなります。
そこから整理しましょう。
整理がきちんとできるとそれだけアドバイスを得るにしても良い質問ができますし、
その分解決も早くなります。
なんなら整理しているうちに自分で解決できることだって出てくるんじゃないでしょうか。
「質問するために質問文整理したり調べたりしてたら解決方法が見つかった」
というのも各所でしばしば見かけます。
質問したとしても修正依頼が殆どつくことなく、読み手にきちんと伝わることになります。
(丸投げ感が減る)
質問テンプレートをきちんと使えるかどうかがteratailで解決するためのカギと言っても過言ではないです。